一、临床分离的志贺菌耐药性分析（论文文献综述）
冯莉茹[1]（2021）在《山西省2014-2019年小儿感染性腹泻病细菌谱及耐药性变化分析》文中研究说明目的:了解2014年1月～2019年12月山西省小儿急性感染性腹泻病感染细菌谱及耐药性的变化,为小儿细菌感染性腹泻病的临床诊疗和合理使用抗生素提供依据。方法:回顾性研究分析2014年1月～2019年12月山西省儿童医院因急性感染性腹泻病住院患儿大便培养为阳性的病例,病例涵盖山西省11个地级市、26个市辖及下属县级市、县。由于2017年以后山西省儿童医院粪便细菌培养分离鉴定方法经过改善,故将2014～2016年及2017～2019年培养分离结果分别进行分析讨论,包括对感染性腹泻粪便培养阳性病例的性别、发病季节、发病年龄等一般资料、细菌谱变化的分析;将2014～2016年与2017～2019年分离菌株药敏结果进行对比分析。采用Microscan Walk-Away-40全自动微生物分析对粪便标本中的菌株进行鉴定,采用K-B纸片扩散法进行药敏试验。采用SPSS22.0软件对病历资料进行χ2检验统计学分析。结果:2014～2016年共分离菌株260株,主要分离菌株位于前四位的是肺炎克雷伯杆菌（96株,37.5%）、大肠埃希菌（48株,18.8%）、非伤寒非副伤寒沙门菌（47株,18.4%）、金黄色葡萄球菌（31株,12.1%）。其中,这四种细菌感染阳性率在性别、发病季节方面差异均无统计学意义,肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌感染阳性病例以0-1岁患儿为主,非伤寒非副伤寒沙门菌感染以>1岁为主,且差异均有统计学意义。2017～2019年共分离菌株992株,主要分离细菌有非伤寒非副伤寒沙门菌（469株、47.3%）、大肠埃希菌（135株、13.6%）、肺炎克雷柏杆菌（130株、13.1%）、金黄色葡萄球菌（65株、6.6%）。其中,这四种细菌感染阳性率在性别方面差异均无统计学意义;发病季节方面,肺炎克雷伯杆菌以冬季分离率最高,大肠埃希菌以夏秋季分离率最高,金黄色葡萄球菌以春夏季检出率最高,以上细菌季节分布差异具有统计学意义,非伤寒非副伤寒检出率最高为夏秋季,但差异无统计学意义;发病年龄段方面,非伤寒非副伤寒沙门菌以>1岁阳性率更高,肺炎克雷伯杆菌、金黄色葡萄球菌以0-1岁阳性率更高,且差异均有统计学意义,金黄色葡萄球菌阳性率年龄段差异无统计学意义。非伤寒非副伤寒沙门菌对头孢他啶、头孢噻肟耐药性增加显着;致泻性大肠埃希菌对头孢曲松耐药性增加显着;金黄色葡萄球菌对红霉素、克拉霉素、阿奇霉素耐药率较高。结论:1.2014～2016年山西省儿童感染性腹泻主要致病菌为肺炎克雷柏杆菌,多数细菌感染无明显性别、发病时间差异,发病年龄段多集中在0-1岁;2017～2019年主要致病菌为非伤寒非副伤寒沙门菌,多数细菌感染无明显性别差异,发病多集中在夏秋季,感染性腹泻高发年龄段与菌种相关。2.病原菌对常用抗生素的耐药率近年来呈现出不断上升趋势,多数细菌对一二代头孢类抗生素耐药性较高,对三代头孢类抗生素耐药率增加。
周春艳[2]（2021）在《273例细菌性腹泻患儿的病原分布特征及药敏试验分析》文中进行了进一步梳理目的探讨昆明地区粪便培养阳性的细菌性腹泻患儿病原分布特征及药敏情况,了解其病原构成及耐药特征。方法采用回顾性研究的方法收集昆明地区2015年1月-2019年12月出现腹泻并且粪便培养阳性的283例患儿的临床资料及实验室结果,并将其病原及其药敏试验结果进行统计分析。结果1.273例细菌性腹泻患儿的流行特征:（1）年龄及性别分布粪便培养阳性的腹泻患儿273例,其中男性156例,女性117例,男女比例为1.33:1;发病年龄主要集中在0-3岁,其中2岁以下的婴幼儿有141例,占51.6%;（2）季节分布273例细菌性腹泻患儿中1-12月份人数分布分别为7例、5例、10例、24例、27例、41例、37例、32例、39例、23例、19例、9例,全年均有发病,发病高峰在每年6-9月份,呈单峰分布;（3）病原分布273例粪便病原阳性的腹泻患儿中,沙门菌感染176例,占64.5%,其中鼠伤寒沙门菌65例,占36.9%,乙型副伤寒沙门菌35例,占19.9%,未分型沙门菌35例,占19.9%,伤寒沙门菌30例,占17.0%,丙型副伤寒沙门菌5例,占2.8%,甲型副伤寒沙门菌2例,占1.1%,猪霍乱沙门菌2例,占1.1%,纽波特沙门菌1例,占0.5%,肠炎沙门菌1例,占0.5%;志贺菌感染89例,占32.6%,其中宋内志贺菌50例,占56.2%,福氏志贺菌36例,占40.4%,痢疾志贺菌2例,占2.2%,鲍氏志贺菌1例,占1.1%;铜绿假单胞菌感染7例,占2.6%;肺炎克雷伯菌感染1例,占0.4%;2.主要致病病原菌的药敏试验:鼠伤寒沙门菌耐药率:依次为庆大霉素100.0%（65/65）、阿米卡星98.5%（64/65）、头孢唑林96.9%（63/65）、氨苄西林86.2%（56/65）;宋内志贺菌耐药率:依次为头孢唑林100.0%（50/50）、头孢曲松98.0%（49/50）,阿米卡星98.0%（49/50）,庆大霉素96.0%（48/50）;福氏志贺菌耐药率:依次为头孢唑林100.0%（36/36）、氨苄西林100.0%（36/36）、庆大霉素94.4%（34/36）、阿米卡星91.7%（33/36）;结论1.昆明地区细菌性腹泻患儿发病主要在2岁以下的婴幼儿,但宋内志贺菌感染主要分布在3-6岁的儿童;2.全年发病,发病高峰在每年的6-9月份,呈单峰分布;3.沙门菌属、志贺菌属是主要致病原,其中鼠伤寒沙门菌、宋内志贺菌是细菌性腹泻最主要的致病菌;4.鼠伤寒沙门菌、宋内志贺菌和福氏志贺菌对多种抗生素的耐药率不同,与10年前昆明地区细菌性腹泻的病原对比,主要致病菌、抗生素耐药性均有改变。
杨朗[3]（2020）在《我国福氏志贺菌基因组进化研究》文中认为志贺菌是一种革兰氏阴性肠杆菌,其污染的水或食物进入人体后可引发细菌性痢疾（志贺菌病）。全球每年约有1.647亿人感染志贺菌病,导致约110万人死亡,对人类健康构成了重大威胁。我国志贺菌病问题也十分严重,其发生率自2005年起连续四年在所有传染病中位列前四,是我国传染病防控的一大挑战。志贺菌根据生化反应特征和O抗原构造差异可分为福氏、宋内、痢疾和鲍氏四个血清群,其中福氏志贺菌是全球尤其是亚洲地区引起细菌性痢疾的主要菌群。我国志贺菌流行也以福氏志贺菌为主。跨国传播在福氏志贺菌的扩散中发挥了关键作用,然而我国福氏志贺菌与国外菌株的亲缘关系不明,无法阐明我国福氏志贺菌的传播过程。我国福氏志贺菌呈现出17种血清型共同流行的特征,新血清型不断涌现、多种血清型大量共存以及血清型之间频繁转换的现象在我国各地区间广泛存在,然而血清型多态性形成的规律和机制仍不清楚。我国福氏志贺菌的耐药问题也日益严重,多重耐药率超过95%,对一些特定抗生素的耐药率已达到极高水平,然而介导福氏志贺菌耐药性增强的分子机制仍未得到系统的考察。这些问题的解答能够增进我们对国内福氏志贺菌进化及流行的认识,为我国细菌性痢疾的防控工作奠定坚实基础。本研究从国内13个省市收集了共606株福氏志贺菌,时间跨度长达40余年,具有丰富的血清型及耐药表型多样性。通过对这些菌株进行全基因组测序,结合菌株表型特征以及国外已发表数据,我们开展了以下两个方面的研究:1.我国福氏志贺菌的基因组进化特征通过全基因组进化分析,本研究发现我国福氏志贺菌来源于全球福氏志贺菌进化体系中的5个不同种系,分别为PG1、PG2、PG3、PG4和PG7。孟加拉国、巴基斯坦等周边国家是我国福氏志贺菌的重要传播来源。传播事件于上世纪80年代以后多次发生,可能与改革开放后我国经济的发展以及人员交流的扩大密切相关,而近年来传播事件仍在持续发生,应该引起我们的警惕。我国6型福氏志贺菌与其他型别福氏志贺菌具有显着不同的基因组进化特征,与鲍氏志贺菌具有紧密的亲缘关系。国内福氏志贺菌流行主要来源于PG3种系在本地的大规模扩散,该种系的流行由局部定殖和跨区域传播共同导致。与其他志贺菌快速的种系更替不同,福氏志贺菌在国内表现出长期持续定殖的特征,可能与其在环境中较强的生存能力有关。该结果提示我国福氏志贺菌的防控是一项长期而艰巨的任务,应当外防输入,内防扩散,防控工作的开展应该注重对环境传染源的关注,提高公共卫生条件将对控制其流行有显着作用。2.我国福氏志贺菌进化的分子机制我国福氏志贺菌血清型多样性的形成主要由两方面因素共同导致,一是多次传入我国的国外菌株具有不同的型别特征,二是国内菌株发生了至少145次血清型转换事件。6型福氏志贺菌与2、4、11型鲍氏志贺菌的O抗原基因结构具有一定相似性,糖基转移酶基因wfb Y和wfb Z的表达可能对6型菌株抗原特异性的形成具有关键作用。我国福氏志贺菌比国外菌株携带更多的耐药因子。国内菌株的抗生素耐药性由多种基因型共同介导,特定基因的获得也具有众多不同的质粒载体,表明其耐药性形成来源于多种分子机制的累积作用。国内菌株发生了多起独立的耐药因子获得事件,然而目前未形成显着的耐药优势种系,耐药菌株与非耐药菌株大量共存,表明耐药还未成为驱动福氏志贺菌进化的关键因素。然而我国福氏志贺菌整体表现出耐药增强的趋势,提示我国应进一步加强对抗生素使用的管控。我国福氏志贺菌的毒力因子也发生了改变,SHI-1毒力岛以及III型分泌系统相关基因簇呈现在多种型别菌株中扩散的趋势,开展毒力表型的相关研究,预先评估其对居民健康所造成的威胁,将显着降低我国福氏志贺菌出现新的流行爆发风险。综上所述,本研究利用高通量测序技术对我国福氏志贺菌进行了深入分析,揭示了我国福氏志贺菌基因组进化特征及其分子机制。明确了我国菌株在全球福氏志贺菌进化体系中的位置,描述了福氏志贺菌进入我国以及进一步在国内传播的过程,为我国福氏志贺菌的防控提供了重要的理论依据。深入考察了我国福氏志贺菌进化过程中血清型、耐药和毒力变化的分子机制,为进一步控制福氏志贺菌流行的措施制定提供了重要参考。研究结果提示多型别、高耐药的福氏志贺菌在我国广泛存在,具有丰富的遗传多样性以及复杂的形成原因。加强对福氏志贺菌的监测力度,警惕其由国外持续传入我国,关注国内菌株频繁的型别转换,控制其耐药性增强,对于我国细菌性痢疾的防控具有重要意义。
唐伟欣[4]（2020）在《好氧堆肥对畜禽养殖粪污中抗生素耐药整合子的影响规律研究》文中认为近年来,随着兽用抗生素在集约化畜禽养殖业上使用量的日渐上升,使得抗生素污染日益严重,而耐药菌及耐药基因的出现更使得人们愈来愈聚焦于这一新兴的污染物。本研究以多耐药菌及耐药基因为研究对象,调查规模化畜禽养殖粪污中多耐药菌的污染状况,解析养殖粪污中主要耐药整合子的结构组成,分析高温好氧堆肥过程对养殖粪污中多耐药菌及其整合子的去除规律,为更好的控制养殖来源耐药基因在环境内的横向转移提供理论基础和数据支撑。主要结论如下:首先,本研究选取12个典型养殖场及其粪污堆肥厂,采集新鲜粪污和有机肥成品样品,通过添加8种抗生素培养多重耐药菌,并分析不同粪肥来源的多耐药菌的丰度及其多样性的差异。细菌计数结果表明:对于抗四环素、恩诺沙星、磺胺甲恶唑和泰乐菌素（A类）,以及抗氟苯尼考、氨苄西林、头孢噻呋及粘杆菌素（B类）的两类多重耐药菌污染状况（绝对数量和相对数量）排序均为鸡粪>猪粪>牛粪,粪源有机肥中可培养的多重耐药菌的绝对数量和相对数量均有所下降,说明堆肥是一种控制多重耐药细菌的有效手段。基于16S rDNA序列扩增子测序的细菌群落结构分析表明:不同抗生素的多耐药菌群的多样性也有所不同,在α多样性中,A类多耐药菌的多样性最高的是蛋鸡粪源,而在B类中,猪粪源多耐药菌的多样性是最高的;在β多样性中,A类多耐药菌样本间群落差异最小是牛粪源,而猪粪源中的B类多耐药菌各样本间群落差异是最小的。多耐药菌在有机肥中物种丰度、多样性都小于养殖粪便,说明堆肥可以有效减少A和B类多耐药菌的种类和多样性。A、B类多重耐药菌菌群在门水平上主要分布在变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门,unidentified-Enterobacteriaceae是A类可培养的多耐药菌的优势属,而B类可培养的多耐药菌种类少且优势属为Myroides。然后,分离纯化了 126株多耐药菌,并开展了基于16S rDNA序列比对的分子生物学鉴定,以及基于药敏试验的耐药性特征分析,进一步对其耐药整合子的种类及结构进行解析。结果表明:从养殖粪便中分离的多重耐药菌主要集中在变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门这四个门中,其中,对于A类多重耐药菌的优势属为肠杆菌属,;而B类多重耐药菌的优势属为志贺菌属。药敏实验结果表明,养殖动物粪便中的A类多重耐药菌均对养殖常用抗生素如氯霉素类、氟喹诺酮类、β-内酰胺类、磺胺类、四环素类、大环内脂类抗生素等都有着较高的耐药性;而对氨基糖苷类和头孢类抗生素有着较高的敏感率。而B类多耐药菌虽然分离菌株较少,但对常用抗生素的耐药性均很高。通过对Ⅰ、Ⅱ类整合子基因盒的扩增,明确了在养殖粪便和堆肥中广泛存在的Ⅰ类整合子基因盒类型为aadA2和dfrA17,以及Ⅱ类整合子基因盒主要类型是sat2-dfrA1。最后,选择典型多耐药菌Shigella flexneri 5A5菌株,并对其耐药质粒进行测序分析,设计出耐药菌及耐药整合子intI、aadA、sul2、mcr1及oqxb等基因的特异性引物,将该菌添加至堆肥环境中,模拟多耐药菌及耐药基因污染,探究多耐药菌的丰度及耐药整合子在高温堆肥过程中去除规律。结果表明,无论是外源添加还是内源的多耐药菌,高温堆肥过程均对其有明显消减作用,即经3天高温期后,对于可培养的多耐药大肠杆菌其数量已经将至0,而对于普通的多耐药菌,在为期10天的堆肥过程中,其数量也约降了 4-6个数量级。同时,在堆肥过程中耐药基因的绝对丰度表现出先微升后持续降低的趋势,且耐药基因去除效率都在89%以上,整合子去除效率也高达80%以上;而在相对丰度中,大多数耐药基因表现出先降后略微升高的趋势,其中耐药基因及整合子的消减率在86%以上,由此说明堆肥是有效处理畜禽养殖源多重耐药菌及其耐药基因污染的有效手段。
赵会海,张盼,张海谱,秦立霞[5]（2020）在《肠道致病菌中志贺菌和沙门菌的分布及耐药性分析》文中提出目的分析肠道致病菌中志贺菌和沙门菌的血清型分布及耐药性趋势,为临床合理用药提供依据。方法回顾性分析联勤保障部队第980医院2014—2018年临床分离的志贺菌和沙门菌,采用诊断血清进行血清学分型,自动化仪器法进行生化鉴定和药物敏感性试验。结果 2014—2018年分离到志贺菌67株,沙门菌60株;志贺菌以宋内志贺菌占比最高（51.18%）,血清分型均为Ⅰ相;沙门菌以鼠伤寒沙门菌占比最高（23.62%）,其次为都柏林沙门菌（16.54%）;志贺菌属对氨苄西林、庆大霉素、妥布霉素、头孢唑林、头孢曲松、头孢呋辛、复方新诺明等药的耐药率明显要高于沙门菌,差异均有统计学意义（P<0.05）;沙门菌对氨苄西林、复方新诺明耐药性较高,但对其余抗菌药物保持着较高的敏感性。结论我院细菌性腹泻的致病菌以宋内志贺菌和鼠伤寒、都柏林沙门菌为主,临床应掌握志贺菌和沙门菌的耐药水平和耐药趋势,为临床合理选择抗菌药物提供依据。
汪群[6]（2019）在《腹泻与健康仔猪粪便菌群的比较及致病菌的分离与耐药性研究》文中进行了进一步梳理仔猪腹泻是生猪养殖场中常见的疾病,也是影响养猪业经济效益的重要因素之一,对其有效防治是目前关注和研究的重点。随着抗生素在养殖业中的广泛使用,多重耐药细菌不断出现,并可通过食物链将其耐药性传播给人类,对食品安全和公共卫生安全造成严重威胁。本研究以广东某生猪养殖场的腹泻和健康哺乳仔猪为研究对象,利用高通量测序技术分析腹泻仔猪与健康仔猪的粪便菌群差异,筛选出与仔猪腹泻相关的病原菌组成,再从采集的粪便样本中分离出致病菌,并采用纸片扩散法（K-B）对分离菌株进行17种抗生素敏感试验,最后对其中一株多重耐药肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）KP4进行全基因组测序。具体内容如下:1、采用16S rRNA基因高通量测序技术对8份腹泻和8份健康哺乳仔猪的粪便样本进行测序,发现健康仔猪粪便菌群的多样性显着高于腹泻仔猪（P<0.05）;与健康仔猪粪便菌群组成相比,腹泻仔猪粪便中变形菌门（Proteobacteria）的相对丰度显着升高,而拟杆菌门（Bacteroidetes）显着降低（P<0.05）;在属的分类水平上,腹泻仔猪粪便中埃希氏-志贺菌属（Escherichia-Shigella）、克雷伯氏菌属（Klebsiella）和乳杆菌属（Lactobacillus）的相对丰度显着高于健康仔猪,而拟杆菌属（Bacteroides）、Lachnoclostridium和瘤胃球菌属（Ruminococcus）显着低于健康仔猪（P<0.05）。2、从采集的16份仔猪粪便样本中共分离到33株大肠杆菌和3株肺炎克雷伯菌。其中肺炎克雷伯菌均为多重耐药菌,对复方新诺明、四环素、氟苯尼考、环丙沙星、恩诺沙星、庆大霉素、阿米卡星、头孢他啶、头孢噻肟和氨曲南等10种药物均有耐药性。大肠杆菌的多重耐药率为93.94%（31/33）,对复方新诺明、四环素和氟苯尼考的耐药率高于90%;对庆大霉素、环丙沙星、恩诺沙星和头孢噻肟的耐药率较高,分别为84.85%、69.70%、69.70%和45.45%;对氨曲南和阿米卡星的耐药率分别为15.15%和18.18%。所有分离菌株均对美罗培南、亚胺培南、头孢西丁、替加环素和多粘菌素敏感。3、多重耐药肺炎克雷伯菌KP4的全基因组测序结果表明该菌株包含2个质粒基因组,通过数据库共注释到83个耐药基因和56个毒力基因,并发现该菌株可产CTX-M-27型超广谱-β内酰胺酶（ESBLs）,且耐药基因tet（A）、tet（R）、floR、dfrV、sul1、qacE、aadA16、aac（6’）-Ib-cr、qnrB2、arr-6和blaCTX-M-27位于同一质粒上。KP4致病因子与I型菌毛、ECP黏附素、铁载体、血红素载体、生物被膜、外膜蛋白等有关,但rmpA、magA、wabG等与荚膜合成相关的基因缺失。本研究分析了某生猪养殖场腹泻和健康哺乳仔猪粪便菌群的多样性和结构差异,并获得了与仔猪腹泻相关致病菌的耐药特征以及猪源多重耐药肺炎克雷伯菌的耐药机理、致病机制和遗传背景,为有效预防、治疗仔猪腹泻和兽医临床合理使用抗生素提供依据,同时为开发有效防治肺炎克雷伯菌感染的新方法奠定基础。
刘艳艳[7]（2018）在《临床分离志贺氏菌体内外联合用药研究及质粒介导阿奇霉素的耐药基因检测》文中指出第一部分安徽地区志贺氏菌耐药的流行情况分析目的:了解安徽地区志贺氏菌血清型的流行情况及其抗菌药物的耐药情况材料与方法:.收集安徽地区34家医院2011年9月至2015年9月临床分离的525株非重复志贺氏菌。药敏质控菌株为大肠埃希菌ATCC25922。采用琼脂倍比稀释法测定18种抗菌药物对525株临床分离志贺氏菌的最低抑菌浓度（Minimal inhibitory concentration,MIC）。结果:525株非重复志贺氏菌,其中福氏志贺菌最为流行（n=449,85.5%）,其次是宋内志贺菌（n=68,13.0%）。在福氏志贺菌中,238株（53%）来自于北部地区,126株（28%）来自于中部地区,85株（19%）来自于南部地区。在宋内志贺菌中,34株（49%）来自于北部地区,20株（30%）来自于中部地区,14株（21%）来自于南部地区。从<5岁的儿童分离到的志贺氏菌在各年龄段中所占的比例最高（n=331,63.1%）,此外,感染福氏志贺菌男性患者的比例高于女性患者（57%vs.43%,P<0.0001）。在福氏志贺菌中,氨苄西林的耐药率最高（97.3%）,其次是萘啶酸（96.9%）,再次是四环素（93.8%）和氯霉素（86.6%）;对哌拉西林/他唑巴坦的敏感性最高（99.3%）,其次是亚胺培南（98.2%）和阿米卡星（98%）。在宋内志贺菌中,氨苄西林的耐药率也是最高（100%）,其次是萘啶酸（98.5%）、四环素（94.1%）、复方新诺明（92.6%）和庆大霉素（92.6%）;对哌拉西林/他唑巴坦（100%）和阿米卡星（100%）最敏感,其次是亚胺培南（98.5%）和头孢吡肟（98.5%）。417株（92.9%）福氏志贺菌为多重耐药菌株,最常见的耐药表型为氨苄西林-萘啶酸-四环素（90.2%）。66株（94.1%）宋内志贺菌为多重耐药菌株,最常见的耐药表型为氨苄西林-萘啶酸-四环素（92.6%）。福氏志贺菌对氯霉素、环丙沙星和左氧氟沙星的耐药率明显高于宋内志贺菌。然而,福氏志贺菌对复方新诺明和庆大霉素的敏感性明显高于宋内志贺菌。结论:1.福氏志贺菌仍然是安徽地区志贺氏菌的流行亚群。2.安徽地区临床分离的志贺氏菌最常见的多重耐药表型为氨苄西林-萘啶酸-四环素。福氏志贺菌对氟喹诺酮类抗菌药物的耐药性明显高于宋内志贺菌。第二部分临床分离志贺氏菌环丙沙星联合磷霉素的体内外研究目的:利用棋盘法联合药敏实验和时间-杀菌实验来研究环丙沙星联合磷霉素体外抗菌活性情况,并使用大蜡螟感染模型来评估抗菌药物联合的体内效应。材料与方法:.选取80株对环丙沙星耐药的福氏志贺菌做棋盘法联合药敏实验。在环丙沙星联合磷霉素时间-杀菌的实验中,筛选出2株福氏志贺菌,其中1株为对环丙沙星和磷霉素均耐药的菌株（GN120471）;1株为环丙沙星耐药和磷霉素敏感的菌株（GN120454）。根据2017年CLSI标准磷霉素对福氏志贺菌的MIC值≥256μg/mL定义为耐药,另外做磷霉素药敏时需要加入25μg/mL的6-磷酸葡萄糖。根据患者接受标准剂量的抗菌药物后血浆药物峰浓度制定低、中、高三个血药浓度,其中环丙沙星的低浓度为0.5μg/mL、中浓度为1μg/mL、高浓度为2.5μg/mL;磷霉素的低浓度为30μg/mL、中浓度为150μg/mL、高浓度为300μg/mL。不同浓度的药物进行联合,分别在3h、5h、8h和24h时间点进行菌落计数。体内实验采用大蜡螟感染模型,用2株福氏志贺菌不同浓度的菌悬液分别感染大蜡螟幼虫,检测细菌其毒力大小,根据96h时可使80%幼虫致死的菌液浓度,来确定后面实验中这2株福氏志贺菌的最佳接种量。用10μL浓度为100μg/mL的环丙沙星,每12h注射一次,连用4天（环丙沙星的血药峰浓度约为2.5μg/mL）;10μL浓度为1000μg/mL的磷霉素,每6h注射一次,连用4天（磷霉素的血药峰浓度约为150μg/mL）。观察大蜡螟于24h、48h、72h和96h的生存率,判断联合用药的抗菌效果。结果:80株对环丙沙星耐药的福氏志贺菌中,FICI≤0.5者有31株（38.75%）;0.5<FICI≤4者有49株（61.25%）。体外时间-杀菌实验有36个菌落计数点,对于菌株GN120471（CIPR-FOSR）,表现为协同作用的菌落计数点有22个（61.1%）;表现为相加作用的菌落计数点有3个（8.3%）。对于菌株GN120454（CIPR-FOSS）,表现为协同作用的菌落计数点有35个（97.2%）;表现为相加作用的菌落计数点有1个（2.8%）。对于菌株GN120471（CIPR-FOSR）,环丙沙星浓度为2.5μg/mL和磷霉素浓度为150μg/mL或300μg/mL联合时杀菌效果最明显。对于菌株GN120454（CIPR-FOSS）,环丙沙星浓度为0.5μg/mL和磷霉素任意浓度联合时即可杀菌效果明显。体内时间-杀菌实验,2株福氏志贺菌对幼虫80%的致死率时菌液的浓度为幼虫体内的菌液为105 CFU（菌悬液浓度为107CFU/mL）。环丙沙星（血药峰浓度为2.5μg/mL）和磷霉素（血药峰浓度为150μg/mL）联合时,菌株GN120471和菌株GN120454感染幼虫96h生存率分别为68.75%和81.25%,明显高于单药时的生存率。结论:1.对环丙沙星耐药的福氏志贺菌,环丙沙星联合磷霉素使用的杀菌效果明显优于单药的使用2.体内外联合时间-杀菌曲线和生存曲线显示对环丙沙星和磷霉素均耐药的菌株需要选取较高浓度的药物联合;对环丙沙星耐药和磷霉素敏感的菌株可以选取较低浓度的环丙沙星联合,进一步验证了环丙沙星和磷霉素联合治疗细菌性痢疾的协同作用明显。第三部分临床分离志贺氏菌质粒介导阿奇霉素的耐药基因检测目的:了解安徽地区临床分离志贺氏菌质粒介导阿奇霉素耐药基因的种类、分布及与耐药的相关性。材料与方法:.2011年9月至2015年9月从临床标本中分离出449株非重复福氏志贺菌和68株非重复宋内志贺菌。根据2017年CLSI标准,福氏志贺菌对阿奇霉素的流行病学cutoff值≥16μg/mL为耐药;宋内志贺菌对阿奇霉素的流行病学cutoff值≥32μg/mL为耐药。用煮沸法提取细菌DNA,用质粒抽提试剂盒提取质粒DNA。通过聚合酶链反应（PCR）扩增质粒介导阿奇霉素耐药基因（mphA/B,ermA/B/C/F/T/X,ereA/B,mefA和msrA）。所有纯化的PCR产物直接测序,结果至Genbank进行比对,以明确质粒介导的阿奇霉素耐药基因型。质粒介导阿奇霉素耐药基因阳性菌与E.coli J53AzR行转移接合试验;采用琼脂倍比稀释法对野生株、受体菌与接合子进行最低抑菌浓度（MIC）测定。采用脉冲场凝胶电泳技术（PFGE）分析质粒介导的阿奇霉素耐药基因阳性菌株的同源性。结果:福氏志贺菌对阿奇霉素的耐药率为33.6%,宋内志贺菌对阿奇霉素的耐药率为39.7%。对阿奇霉素耐药的福氏志贺菌和宋内志贺菌在性别和各年龄段之间无明显差异。151株阿奇霉素耐药的福氏志贺菌有93株（61.6%）细菌检出mphA基因。27株阿奇霉素耐药的宋内志贺菌有11株（40.7%）细菌检出mphA基因。所有菌株均未检出mphB、ermA、ermB、ermC、ermF、ermT、ermX、ereA、ereB、mefA和msrA基因。93株mphA基因阳性福氏志贺菌有89株接合成功,11株mphA基因阳性宋内志贺菌有10株接合成功。接合子与受体菌相比,阿奇霉素的MIC值均有不同程度的提高。所有阿奇霉素MIC>256μg/mL志贺氏菌均携带mphA基因。93株mphA阳性福氏志贺菌有13个不同的型（P1-P13）,其中P1型有41株（44.1%）,P2型有28株（30.1%）。11株mphA阳性宋内志贺菌有5个不同的型（P1-P5）其中P1型有7株（63.6%）。13株mphA阳性阿奇霉素高度耐药（MIC>256μg/mL）福氏志贺菌有10株菌具有同源性,且均来自泗县。这10株同源的菌株均为多重耐药菌;有8株来自于年龄<5岁的儿童,有2株来自年龄>60岁的老年人;有7株来自男性,有3株来自女性。结论:1.质粒介导的阿奇霉素耐药基因可以水平转移,导致同种或不同种菌株对阿奇霉素耐药。2.阿奇霉素高度耐药并且携带mphA基因的福氏志贺菌均为多重耐药菌,大部分菌株具有同源性。具有同源性的菌株均来自儿童和老年人,需引起高度重视。
朱阵[8]（2018）在《牛肠道菌群携带耐药基因分析与志贺菌分离、分型及耐药性研究》文中进行了进一步梳理抗生素的发现与应用对人类的文明发展具有不可磨灭的贡献,但随着抗生素的不合理使用和滥用,抗生素残留和耐药性的广泛传播已严重危害畜牧业健康发展和公共卫生安全。近年来科学家们已经意识到耐药菌的流行病学研究和耐药基因水平转移的重要性,并对细菌耐药性的传播机制进行了探索。本文分两条主线对耐药性进行研究,一是从宏基因组角度,分析了不同养殖环境下牛肠道菌群耐药基因的差异;二是从病原菌角度,分析牛源志贺菌的流行病学以及耐药谱、耐药基因和毒力基因的流行特征。1.通过宏基因组方法,从宏观角度对来自甘肃不同地区和养殖环境下的牦牛、肉牛、奶牛肠道菌群结构及耐药基因储存库进行了综合研究。无论是在肠道菌群携带耐药基因的多样性还是丰度水平上,牦牛组均显着低于奶牛和肉牛组。2.分离鉴定了临床样品中的志贺菌,并确定了血清型。通过SS和麦康凯选择培养基筛选,16S rDNA、API20E生化试验、血清凝集试验、多重PCR血清鉴定法共鉴定得到136株志贺菌,其中福氏志贺菌54株、宋内志贺菌44株、痢疾志贺菌38株。填补了西北地区牛源志贺菌研究的空白,也为之后动物源志贺菌的研究奠定了基础。3.建立了分别针对福氏志贺菌、宋内志贺菌、痢疾志贺菌的脉冲场电泳分型（PFGE）、多位点序列分型（MLST）、多位点可变数串联重复分型（MLVA）三种分子分型方法,从不同方面揭示了不同来源菌株之间的亲缘关系和流行背景,以及分型特点与不同耐药表型菌株的内在联系。4.毒力基因流行性研究表明,ipaH、ial、sen、set1A、set1B、stx、ipaBCD 7个毒力基因检出率最高的是ipaH（100%）和ipaBCD（94.85%）,其次为ial（75%）和sen（66.91%）。同时发现,set1A和set1B基因只存在于福氏志贺菌中,而stx基因只存在于痢疾志贺菌中。5.耐药基因检测与分型研究表明,51株三代头孢菌素耐药志贺菌中只检测到了TEM（100%）、OXA（81.48%）、CTX-M（90.2%）三种β-内酰胺酶型,其中TEM和OXA型只有一个亚型,分别为TEM-1和OXA-1,CTX-M基因分为三个亚型,分别为CTX-M-3、CTX-M-14和CTX-M-79,其中CTX-M-14亚型检出率最高为78.43%（40/51）;55株氟喹诺酮类耐药菌株中,只检测到gyrA和parC两个基因上的5个基因位点发生突变。其中gyrA基因突变分别为Ser83Leu（100%）、Asp87Asn/Tyr（63.46%）、His211Tyr（50.91%）;parC基因突变分别为Ser80Ile（50.91%）、Ser83Leu（56.36%）;3种质粒介导的耐药基因检出率分别为aac（6′）-Ib-cr（100%）、qnr（25.45%）、qepA（3.64%）。6.痢疾志贺菌Sd170912株基因组包括1染色体和3个质粒序列。基因组共包含4796个基因,其中毒力相关基因有467个,耐药相关基因有96个。基因组组分分析发现,在23个基因岛中有6个耐药基因岛和13个毒力基因岛;8个前噬菌体序列中,3个携带耐药基因,7个携带毒力基因。
潘海建[9]（2016）在《上海市部分医院致泻性大肠杆菌和弯曲菌临床分离株的耐药性与分子分型》文中研究指明致泻性大肠杆菌（diarrheagenic Escherichia coli,DEC）和弯曲菌（Campylobacter spp.）均为重要的食源性致病菌,它们广泛存在于自然界,可造成急性肠道感染和严重腹泻,是食品安全隐患。了解它们的流行特征、致病性和抗生素耐药特征对预防和控制大肠杆菌和弯曲菌感染具有重要意义。本课题研究了上海市致泻大肠杆菌和弯曲菌的耐药性、毒力基因和分子流行病学特征,并对多重耐药弯曲菌的耐药分子机制做了初步探索。主要研究结果如下:1、致泻性大肠杆菌的毒力基因和耐药特征致泻性大肠杆菌是导致世界范围细菌性肠炎的食源性致病菌。本论文利用上海市四家医院从7204份腹泻病人粪便样本中分离出735株（10.2%）致泻性大肠杆菌为材料开展大肠杆菌的毒力基因和抗生素耐药性分析研究。其中有6122份粪便样品来自中国人,分离出594株（9.7%）大肠杆菌,1082份来自居住在上海的外国人,分离出141株（13.1%）大肠杆菌,外国人的腹泻粪便大肠杆菌分离率高于中国人。来自5岁以下儿童的299株大肠杆菌以肠致病性大肠杆菌为主,而从19-60岁以上成人分离的365株大肠杆菌以产肠毒素大肠杆菌为主。肠致病性大肠杆菌（n=374,50.9%）和产肠毒素大肠杆菌（n=318,43.3%）为上海市致泻性大肠杆菌的主要亚型,其中肠致病性大肠杆菌均携带eae基因,为非典型性肠致病性大肠杆菌。318株产肠毒素大肠杆菌中携带肠毒素est A,elt A和est A-elt A的菌株分别有189株（59.6%）、89株（27.8%）和40株（12.6%）。此外,鉴定出7株产志贺毒素大肠杆菌,分别有5株和2株携带了毒力基因stx1和stx2。检测了735株大肠杆菌分离株对16种临床常用抗生素的耐药情况,其中分离株对链霉素（90.7%）、氨苄西林（63.4%）、萘啶酸（61.1%）、磺胺异恶唑（49.1%）、四环素（41.2%）、甲氧苄氨嘧啶（35.6%）和复方新诺明（35.4%）的耐药率较高,对阿莫西林/克拉维酸（27.2%）、头孢噻肟（24.5%）、头孢吡肟（23.5%）、庆大霉素（16.7%）、头孢他啶（12.4%）、氯霉素（10.6%）、环丙沙星（7.2%）和氧氟沙星（3.4%）也出现耐药,无菌株对亚胺培南耐药,多重耐药菌株占比高达65.4%。2、产肠毒素大肠杆菌的分子鉴定产肠毒素大肠杆菌（enterotoxigenic Escherichia coli,ETEC）是导致发达国家“旅行者腹泻”和发展中国家小儿腹泻的重要致病菌。本论文对分离自腹泻病人的123株ETEC进行多位点序列分型（MLST）和脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析以确定它们的遗传相关性,并检测了这些菌株携带的毒力基因和对临床常用抗生素的耐药性。MLST和PFGE共鉴定出29个序列型和63个PFGE型,两种分型结果相关性较好。不同PFGE型的菌株所携带的肠毒素-定殖因子-染色体毒力因子的毒力基因谱有所不同。鉴定12株PFGE型SHNL0005、序列型ST 2332且血清型O128:H45的菌株与医院新生儿腹泻有关,该克隆系为多重耐药克隆系,可通过检测毒力基因STh,CS21,cly A,eat A和CFA/I进行鉴定。此外,序列型ST 182的9株菌为多重耐药菌株,至少对6种抗生素耐药。因此,序列型ST 2332和ST 182均为高风险克隆系。3、腹泻儿童弯曲菌分离株的流行和致病特征弯曲菌是细菌性肠炎的重要致病菌,由于儿童饮食结构与成人不同,他们是弯曲菌感染的一个特殊群体。本论文对五岁以下腹泻儿童中分离的110株弯曲菌（包括80株空肠弯曲菌和30株结肠弯曲菌）进行了检测,以确定它们的遗传相关性、耐药性、携带的毒力基因以及对人结肠癌细胞Caco-2的侵袭力。MLST分型显示,110株弯曲菌隶属于16个克隆群下的77个序列型,其中CC 464和CC 574为空肠弯曲菌的主要克隆群,CC 828为结肠弯曲菌的主要克隆群。弯曲菌对萘啶酸（88.2%）、环丙沙星（87.3%）和四环素（87.3%）的耐药率很高,此外,对氨苄青霉素（30.9%）、庆大霉素（28.2%）、克林霉素（21.8%）、红霉素（21.8%）和氯霉素（8.2%）也有耐药性。多重耐药的空肠弯曲菌和结肠弯曲菌分别为32.5%和83.3%。其中,克隆群CC 828的16株结肠弯曲菌对6种抗生素均有抗性:环丙沙星-克林霉素-红霉素-庆大霉素-萘啶酸-四环素。大部分菌株携带了毒力基因cad F（100%）、ceu E（99.1%）、cia B（98.2%）、fla A（98.2%）、ans B（97.3%）、cdt B（96.4%）、cdt C（96.4%）和cdt A（94.6%）,而毒力基因fuc P、vir B11和ggt携带率相对较低,分别为31.8%、1.8%和1.8%。根据基因型和携带毒力基因不同,挑选了57株弯曲菌检测对Caco-2细胞的黏附和侵袭力。不同菌株的黏附力差别不大,但侵袭力水平存在较大差异,鉴定出12个强侵袭力的序列型,如ST 21、ST 3930和ST 1953等。多重耐药菌株和对宿主细胞强侵袭力的菌株是潜在的高风险菌株,威胁儿童健康。4、多重耐药弯曲菌分离株的基因型特征本论文检测了2009-2014年从上海市腹泻病人和禽肉中分离的548株弯曲菌（包含372株空肠弯曲菌和176株结肠弯曲菌）对环丙沙星、四环素、庆大霉素、红霉素和克林霉素这五种临床常用抗生素的耐药性,分别筛选出对三种及三种以上抗生素耐药的多重耐药空肠弯曲菌32株（8.6%）和多重耐药结肠弯曲菌119株（67.6%）。PFGE分别鉴定出26个和77个不同的PFGE型,其中结肠弯曲菌的77个PFGE型可分为7个主要簇（簇A-G）,簇A（n=16）和G（n=16）为最主要克隆系,分别包含了11株和8株同一PFGE型的菌株,表明这些克隆系可能通过交叉感染在人群中传播。鉴定了151株多重耐药菌株的耐药相关基因,gyr A基因86位密码子突变的菌株达到150株（99.3%）;23s r RNA2075位碱基突变菌株56株（37.1%）;携带erm B,tet（O）,aad E基因和aad E-sat4-aph A基因簇的菌株分别有31株（20.5%）、148株（98%）、89株（58.9%）和10株（6.6%）。此外,空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的cme R-cme ABC转录间隔区序列有长度差别,回文序列区及附近序列鉴定出多个碱基突变,根据碱基突变,空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的转录间隔区分别鉴定出9和15个序列型,其中23个为新的序列型。
王建[10]（2016）在《我国宋内志贺菌流行特征、耐药性及变异研究》文中研究指明志贺菌（Shigella spp.）属于革兰氏阴性兼性厌氧肠杆菌,是引起细菌性痢疾的一种重要的肠道致病菌。据WHO统计数据显示,全球每年由志贺菌引起的细菌性痢疾的病例约为1.65亿,其中1.63亿发生在卫生条件较差的发展中国家,并且志贺菌感染导致的死亡人数高达110万,其中61%的死亡病例为5岁以下的儿童。近年来,尽管由细菌性痢疾导致的儿童死亡率已经下降,但是细菌性痢疾仍然是导致儿童死亡的主要原因之一。根据O抗原不同的结构,志贺菌属分4个血清群,分别是福氏志贺菌（Shigella flexneri）、痢疾志贺菌（Shigella dysenteriae）、鲍氏志贺菌（Shigella boydii）和宋内志贺菌（Shigella sonnei）。就志贺菌流行状况而言,发达国家的细菌性痢疾主要是宋内志贺菌引起,而在发展中国家长期以来以福氏志贺菌流行为主。但近年来,这一流行趋势正在逐渐改变,在亚洲的一些国家,宋内志贺菌正逐渐取代福氏志贺菌成为引起细菌性痢疾的主要病原菌。在我国,多年来志贺菌导致的细菌性痢疾亦主要由福氏志贺菌引起,尤以F2a亚型为主。但值得关注的是,近年来宋内志贺菌的流行比例逐年上升,同时在我国东部、北部等一些发达地区,宋内志贺菌甚至已超越福氏志贺菌成为主要的流行菌群。基于我国志贺菌流行变化的新趋势,本研究开展了对志贺菌的病原监测及相关的研究。本研究收集了全国14个省市不同年代的志贺菌3758株,并对其血清型进行了鉴定,其中福氏志贺菌2084株,宋内志贺菌1630株。结果发现宋内志贺菌的感染率呈逐年上升的趋势,尤其是近十年来,宋内志贺菌流行快速上升,并且正在逐渐超越福氏志贺菌成为主要的流行菌群。这一趋势在东南部、北部和中部一些经济发达的地区尤为明显。此外,我们首次发现不产β-半乳糖苷酶的宋内志贺菌即ONPG阴性宋内志贺菌在我国的流行,其在部分地区已超过ONPG阳性宋内志贺菌成为优势菌型。宋内志贺菌这一表型的改变使目前常用的商品化的鉴定产品梅里埃API 20E和VITEK2的鉴定率从99%分别降至50%和47%,临床上极易导致误诊。因此,宋内志贺菌这种新的流行变异趋势及其对公共健康的威胁不容忽视。在全部1630株宋内志贺菌中,ONPG阴性宋内志贺菌451株,占全部宋内志贺菌的27.7%。ONPG阴性宋内志贺菌在2005年首次监测到,其在2009年开始大量出现,在之后的时间呈流行状态,并在2011年首次超越ONPG阳性宋内志贺菌成为主要的流行菌型。为了进一步了解我国宋内志贺菌的遗传多态性及亲缘关系,本研究利用PFGE方法对不同地区宋内志贺菌,尤其是ONPG阴性宋内志贺菌进行了聚类分析。结果显示,onpg阴性与阳性宋内志贺菌的pfge图谱存在明显的差异,并且在聚类分析时,两种表型处在不同的流行簇中。在对上海、北京、甘肃、河南地区宋内志贺菌pfge的聚类分析中发现,上述各地区均存在具有相同带型onpg阴性宋内志贺菌的流行。对宋内志贺菌的遗传相关性分析发现,阴性菌形成了3个主要的克隆群,在3个克隆群中,主要以上海、甘肃和北京地区的阴性菌为主,还包括来自其他地区onpg阴性菌。研究结果显示,onpg阴性宋内志贺菌已经在我国很多地区出现并流行。为了解我国志贺菌的耐药特点,本研究对福氏和宋内志贺菌进行了抗生素敏感性检测。结果显示,这两种志贺菌对传统的抗生素具有很强的耐药性,耐药率从高到低依次为氨苄西林88.1%、替卡西林87.8%、四环素87.5%、复方新诺明73.2%和氯霉素49.2%。值得关注的是,福氏与宋内志贺菌对一些头孢类抗生素具有较强的耐药性,其中对头孢曲松、头孢唑林和头孢哌酮的耐药率分别达到了31.1%,32.4%和27.5%。对比宋内志贺菌与福氏志贺菌的抗生素耐药情况,结果发现,宋内志贺菌对传统抗生素也均具有很高耐药性,并且其对头孢类抗生素的耐药性强于福氏志贺菌,其中对头孢曲松、头孢唑林和头孢哌酮的耐药率分别达到了或超过35%。但宋内志贺菌对喹诺酮药物耐药性一直维持在较低水平。就临床常用的头孢类及喹诺酮类抗生素,本研究对不同地区和时间分离的菌株的耐药性进行了比较。结果发现,不同地区间抗生素耐药性存在差别:在东南、西北、中部和北部地区,宋内志贺菌对头孢类抗生素耐药性较高。从耐药性随时间的变化来看,宋内志贺菌对头孢曲松、头孢唑林和头孢哌酮的耐药性从2004年之后开始迅速上升,到2007-08年达到最大值,耐药率分别是62.2%、61.7%和59.6%,之后耐药性均下降,但仍然都维持在30%到40%之间。同时,本研究对两种不同onpg表型的宋内志贺菌的耐药性进行了比较,结果发现,onpg阳性菌的耐药性高于阴性菌,但onpg阴性宋内志贺菌耐药性随时间总体呈上升趋势,并且在2012年间出现过耐药性的一个短期的高点,这一情况的出现应该引起重视。上述研究结果对于宋内志贺菌临床诊断及抗生素的合理使用具有重要的参考价值。为了研究耐药性产生的分子机制,本研究对所有耐头孢类抗生素的宋内志贺菌中常见的耐药基因进行了pcr检测。结果发现,在所有耐头孢类抗生素是宋内志贺菌中普遍存在β-内酰胺酶（esbls）相关的耐药基因,其中blactx-m和blatem的阳性率分别为82.8%和70.5%。对blactx-m基因测序比对发现,blactx-m-14、blactx-m-79和blactx-m-15是最主要的型别,并且还发现两种不同型别的blactx-m基因同时存在于一个耐药菌中情况。在整合子基因的检测过程中发现,2类整合酶及其基因盒的检出率较高,分别为93.1%和86.0%。研究结果显示,在所有耐头孢类药物的宋内志贺菌中,耐药基因的比例较高,这些耐药基因在细菌间水平转移会加剧耐药菌的蔓延。基于之前的分析结果,本研究选取了67株宋内志贺菌,其中包括58株ONPG阴性宋内志贺菌,进行了全基因组测序。分析发现,ONPG阴性宋内志贺菌与阳性菌相比,在lac operon区域存在较大差异。对此区域设计引物进行PCR扩增后发现,ONPG阴性菌与阳性菌相比主要缺失了mhp operon的mhpB、mhpA和mhpR以及lac operon中的lacI、lacZ和lac基因,同时一个hypothetical protein（假定蛋白）基因,两个插入序列基因（IS1,IS600）也同时缺失。结合Holt等2012年发表文章的基因组数据及方法,本研究对宋内志贺菌的SNP位点进行了检测,并绘制了系统发育树。结果显示,我国的宋内志贺菌与部分国外菌株同处在一个大的分支上。同时,我国全部的67株宋内志贺菌处于都独立在一个分支上,菌株内部又有几个明显的小分支。推测我国的宋内志贺菌可能是来源于国外,并且在国内的进化上有着自己独立的特点。为了探究lac operon缺失对宋内志贺菌的影响,本研究采用λ-RED同源重组方法,成功构建了lac operon缺失的宋内志贺菌。对敲除株各种生化表型进行验证的结果发现,敲除株除ONPG表型变为阴性外还有6种表型发生变化,其中5种物质的代谢加强,分别是松二糖、龙胆二糖、D-鼠李糖、D-密二糖,D-丝氨酸。还有1种物质代谢变弱,为甲酸。对比不同温度下敲除株与野生株的生长情况,结果显示敲除株与野生株在不同温度下生长无差异。死亡率比较分析的结果显示,注射敲除株小鼠的死亡率没有升高。以上结果说明,lac operon缺失是导致ONPG阴性宋内志贺菌出现的原因,但本部分未能明确是何种优势导致ONPG阴性宋内志贺菌出现和流行,这部分内容需要之后更深入的研究。综上所述,本研究开展了我国宋内志贺菌特别是ONPG阴性菌的流行与分布规律研究;对不同地区宋内志贺菌的抗生素耐药性及耐药机制进行了分析;通过代表性菌株的全基因组测序,揭示ONPG阴性菌基因组的特点及其出现的分子机制。这些结果可以为宋内志贺菌引起的细菌性痢疾的监测、抗生素的合理使用、传染源的追溯、传播关系的调查以及防控策略的制订提供科学依据。
二、临床分离的志贺菌耐药性分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、临床分离的志贺菌耐药性分析（论文提纲范文）
（1）山西省2014-2019年小儿感染性腹泻病细菌谱及耐药性变化分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 常用缩写词中英文对照表 |
| 前言 |
| 1 资料与方法 |
| 1.1 一般资料 |
| 1.2 研究方法 |
| 1.3 统计方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 2014-2016 年小儿感染性腹泻特点 |
| 2.1.1 病原菌检出情况 |
| 2.1.2 .病原菌人群分布 |
| 2.1.3 发病季节分布 |
| 2.2 2017-2019 年小儿感染性腹泻特点 |
| 2.2.1 病原菌检出情况 |
| 2.2.2 .病原菌人群分布 |
| 2.2.3 发病季节分布 |
| 2.3 检出率的比较 |
| 2.4 2014-2019 年主要分离细菌耐药性比较 |
| 2.4.1 非伤寒非副伤寒沙门菌耐药性比较 |
| 2.4.2 .大肠埃希菌耐药性比较 |
| 2.4.3 .金黄色葡萄球菌耐药性比较 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 小儿感染性腹泻病细菌谱及耐药性变化的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（2）273例细菌性腹泻患儿的病原分布特征及药敏试验分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 前言 |
| 第二章 材料及方法 |
| 2.1 研究对象及纳入标准 |
| 2.2 病原学检测方法 |
| 2.3 临床资料的收集 |
| 2.4 临床体征及实验室判断标准 |
| 2.5 统计方法 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 腹泻患儿的季节分布 |
| 3.2 腹泻患儿的年龄分布 |
| 3.3 腹泻患儿的病原谱分布 |
| 3.4 腹泻患儿致病菌的地区及性别分布 |
| 3.5 腹泻患儿病原菌的混合感染情况 |
| 3.6 腹泻患儿常见致病菌大便白细胞情况 |
| 3.7 腹泻患儿常见致病菌的耐药情况 |
| 3.8 腹泻患儿病原菌的常见并发症 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 宋内志贺菌致病机制的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
（3）我国福氏志贺菌基因组进化研究（论文提纲范文）
| 缩略语表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 细菌性痢疾的流行现状及志贺菌简介 |
| 1.2 我国福氏志贺菌的流行及研究现状 |
| 1.2.1 我国福氏志贺菌的进化特征 |
| 1.2.2 我国福氏志贺菌的血清型特征 |
| 1.2.3 我国福氏志贺菌的耐药特征 |
| 1.3 拟解决的科学问题 |
| 1.4 研究思路 |
| 第二章 我国福氏志贺菌的分离鉴定与基因组测序 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 菌株收集与药敏检测 |
| 2.1.2 全基因组测序 |
| 2.1.3 基因组拼接 |
| 2.2 研究结果 |
| 2.2.1 菌株基本信息 |
| 2.2.2 基因组测序与组装信息 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 我国福氏志贺菌的基因组进化特征 |
| 3.1 背景 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 SNP位点鉴定 |
| 3.2.2 系统发育树构建 |
| 3.2.3 碱基突变速率和分化时间估计 |
| 3.3 研究结果 |
| 3.3.1 我国福氏志贺菌的基因组进化特征 |
| 3.3.1.1 我国福氏志贺菌PG1种系的基因组进化特征 |
| 3.3.1.2 我国福氏志贺菌PG2种系的基因组进化特征 |
| 3.3.1.3 我国福氏志贺菌PG3种系的基因组进化特征 |
| 3.3.1.4 我国福氏志贺菌PG4种系的基因组进化特征 |
| 3.3.1.5 我国福氏志贺菌PG7种系的基因组进化特征 |
| 3.3.2 我国6型福氏志贺菌的基因组进化特征 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 我国福氏志贺菌进化的分子机制 |
| 4.1 背景 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 基因组Core-Pan分析 |
| 4.2.2 血清型决定因子鉴定 |
| 4.2.3 耐药因子鉴定 |
| 4.2.4 耐药表型与基因型关联性分析 |
| 4.2.5 质粒及质粒类型鉴定 |
| 4.2.6 毒力因子鉴定 |
| 4.3 研究结果 |
| 4.3.1 我国福氏志贺菌基因组变异特征 |
| 4.3.2 我国福氏志贺菌进化过程中的血清型转换及其分子机制 |
| 4.3.3 我国福氏志贺菌耐药进化的分子机制 |
| 4.3.3.1 我国福氏志贺菌的耐药因子分布 |
| 4.3.3.2 国内外福氏志贺菌的耐药因子比较 |
| 4.3.3.3 耐药表型与基因型的关联性分析 |
| 4.3.3.4 我国福氏志贺菌获得耐药基因的分子机制 |
| 4.3.4 我国福氏志贺菌的毒力因子变化特征 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 作者在学期间取得的学术成果 |
| 主要简历 |
| 致谢 |
（4）好氧堆肥对畜禽养殖粪污中抗生素耐药整合子的影响规律研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 抗生素污染现状 |
| 1.1.2 耐药菌及耐药基因 |
| 1.1.3 整合子的研究进展 |
| 1.1.4 质粒的研究进展 |
| 1.1.5 堆肥对抗生素污染的研究进展 |
| 1.2 研究的目的及意义 |
| 1.3 研究内容 |
| 2 实验材料与分析方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 仪器与设备 |
| 2.1.2 实验试剂 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 抗生素溶液的配制 |
| 2.2.2 样品的来源及采集 |
| 2.2.3 培养基的配制 |
| 2.2.4 多重耐药菌的分离、计数和筛选 |
| 2.2.5 多重耐药菌菌群的鉴定 |
| 2.2.6 多重耐药菌的分子鉴定 |
| 2.2.7 药敏试验 |
| 2.2.8 耐药整合子的扩增 |
| 2.2.9 质粒提取及检测 |
| 2.2.10 特异性引物设计 |
| 2.2.11 堆肥实验设计 |
| 2.3 数据整理及计算方法 |
| 2.3.1 粪肥中多耐药菌的浓度 |
| 2.3.2 耐药菌占总菌数的比例 |
| 2.3.3 基因拷贝数 |
| 2.3.4 数据统计分析 |
| 3 规模化畜禽粪便堆肥厂的多重耐药细菌污染特征调查 |
| 3.1 可培养多重耐药菌污染概况 |
| 3.1.1 可培养的A类多耐药菌计数分析 |
| 3.1.2 可培养的B类多耐药菌计数分析 |
| 3.1.3 可培养耐药菌多样性的分析 |
| 3.1.4 可培养耐药菌群落结构解析 |
| 3.2 本章小结 |
| 4 多重耐药菌中耐药整合子结构解析 |
| 4.1 禽畜粪便中多重耐药菌分离与鉴定 |
| 4.1.1 A类多重耐药菌分离及鉴定 |
| 4.1.2 B类多重耐药菌分离及鉴定 |
| 4.2 分离菌株的耐药性特征 |
| 4.2.1 A类多耐药菌的耐药性分析 |
| 4.2.2 B类多耐药菌的耐药性分析 |
| 4.3 多重耐药菌的整合子构成分析 |
| 4.4 本章小结 |
| 5 高温堆肥中典型耐药整合子的变化规律解析 |
| 5.1 耐药菌株的质粒获取及结构解析 |
| 5.2 耐药基因引物特异性验证 |
| 5.3 高温堆肥对多耐药菌及耐药基因的去除规律探究 |
| 5.3.1 高温堆肥过程中可培养耐药菌的丰度变化 |
| 5.3.2 高温堆肥过程中耐药基因的丰度变化 |
| 5.4 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（5）肠道致病菌中志贺菌和沙门菌的分布及耐药性分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株及来源 |
| 1.2 仪器和试剂 |
| 1.3 药物敏感试验 |
| 1.4 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 菌株血清型分布及其构成 |
| 2.2 志贺菌和沙门菌的季节分布 |
| 2.3 志贺菌耐药性及趋势 |
| 2.4 沙门菌耐药性及趋势 |
| 2.5 志贺菌与沙门菌的耐药性比较 |
| 3 讨论 |
（6）腹泻与健康仔猪粪便菌群的比较及致病菌的分离与耐药性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩写表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 仔猪腹泻概述 |
| 1.2 肠道菌群概况 |
| 1.2.1 肠道菌群的组成和功能 |
| 1.2.2 肠道菌群与仔猪腹泻 |
| 1.2.3 猪肠道菌群研究方法 |
| 1.2.4 猪肠道菌群研究进展 |
| 1.3 猪源大肠杆菌研究进展 |
| 1.3.1 大肠杆菌概述 |
| 1.3.2 大肠杆菌耐药现状 |
| 1.4 肺炎克雷伯菌研究进展 |
| 1.4.1 肺炎克雷伯菌概述 |
| 1.4.2 肺炎克雷伯菌的耐药现状及机制 |
| 1.4.3 肺炎克雷伯菌的致病因子 |
| 1.4.4 肺炎克雷伯菌研究进展 |
| 1.5 测序技术发展概况 |
| 1.5.1 第一代测序技术 |
| 1.5.2 第二代测序技术 |
| 1.5.3 第三代测序技术 |
| 1.6 本课题的研究意义及主要内容 |
| 第二章 腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性的比较 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料与设备 |
| 2.2.1 主要仪器与设备 |
| 2.2.2 主要实验试剂 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 样品采集 |
| 2.3.2 样品总DNA提取 |
| 2.3.3 16S rRNA基因扩增 |
| 2.3.4 Illumina Miseq测序 |
| 2.3.5 数据处理与分析 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 测序数据整体分析 |
| 2.4.2 Alpha多样性分析 |
| 2.4.3 Beta多样性分析 |
| 2.4.4 物种组成分析 |
| 2.4.5 物种差异分析 |
| 2.4.6 16S功能预测分析 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 本章小结 |
| 第三章 大肠杆菌和肺炎克雷伯菌的分离及耐药性分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料与设备 |
| 3.2.1 主要仪器与设备 |
| 3.2.2 主要实验试剂 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 样本来源 |
| 3.3.2 样品制备及增菌 |
| 3.3.3 细菌分离 |
| 3.3.4 生化试验 |
| 3.3.5 分子生物学鉴定 |
| 3.3.6 药敏试验 |
| 3.3.7 菌种保存 |
| 3.3.8 数据分析 |
| 3.4 结果与分析 |
| 3.4.1 大肠杆菌和肺炎克雷伯菌的分离情况 |
| 3.4.2 肺炎克雷伯菌的耐药表型 |
| 3.4.3 大肠杆菌的耐药表型 |
| 3.4.4 分离菌株的多重耐药性 |
| 3.5 讨论 |
| 3.6 本章小结 |
| 第四章 多重耐药肺炎克雷伯菌基因组分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料和设备 |
| 4.2.1 实验菌株 |
| 4.2.2 仪器和设备 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 细菌DNA的提取 |
| 4.3.2 文库构建及测序 |
| 4.3.3 原始下机数据处理 |
| 4.3.4 基因组序列拼装 |
| 4.3.5 功能元件分析 |
| 4.3.6 毒力基因和耐药基因分析 |
| 4.3.7 基因功能注释 |
| 4.4 结果与分析 |
| 4.4.1 测序数据概况 |
| 4.4.2 基因组概况 |
| 4.4.3 功能元件分析 |
| 4.4.4 毒力因子分析 |
| 4.4.5 耐药基因分析 |
| 4.4.6 基因功能分析 |
| 4.5 讨论 |
| 4.6 本章小结 |
| 结论与展望 |
| 一、结论 |
| 二、创新点 |
| 三、展望 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 附件 |
（7）临床分离志贺氏菌体内外联合用药研究及质粒介导阿奇霉素的耐药基因检测（论文提纲范文）
| 缩略词表 中文摘要 ABSTRACT 第一部分 |
| 安徽地区志贺氏菌耐药的流行情况分析 前言 材料与方法 结果 讨论 结论 参考文献 第二部分 |
| 临床分离志贺氏菌环丙沙星联合磷霉素的体内外研究 前言 材料与方法 结果 讨论 结论 参考文献 第三部分 |
| 临床分离志贺氏菌质粒介导阿奇霉素的耐药基因检测 前言 材料与方法 结果 讨论 结论 参考文献 附录 致谢 综述 参考文献 |
（8）牛肠道菌群携带耐药基因分析与志贺菌分离、分型及耐药性研究（论文提纲范文）
| 摘要 abstract 英文缩略表 第一章 引言 |
| 1.1 抗生素耐药性 |
| 1.1.1 抗生素耐药性的起源与发展 |
| 1.1.2 环境微生物中的耐药性及危害 |
| 1.1.3 人类活动对抗生素耐药性的影响 |
| 1.1.4 抗生素对环境微生物的影响 |
| 1.1.5 小结与展望 |
| 1.2 测序技术的发展 |
| 1.2.1 一代测序技术 |
| 1.2.2 二代测序技术 |
| 1.2.3 三代测序技术 |
| 1.3 志贺菌研究 |
| 1.3.1 志贺菌生物学特征 |
| 1.3.2 生化特征 |
| 1.3.3 血清型特征 |
| 1.3.4 基因组特征 |
| 1.3.5 动物源志贺菌研究 |
| 1.4 研究目的于意义 第二章 牛肠道菌群耐药基因的宏基因组学研究 |
| 2.1 样品及试剂、仪器 |
| 2.1.1 样品采集 |
| 2.1.2 主要试剂与仪器 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 粪便样品基因组总DNA提取 |
| 2.2.2 DNA样品检测 |
| 2.2.3 DNA文库构建 |
| 2.2.4 测序 |
| 2.2.5 信息分析流程 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 基因组提取结果 |
| 2.3.2 测序数据 |
| 2.3.3 序列组装 |
| 2.3.4 基因预测 |
| 2.3.5 物种注释 |
| 2.3.6 耐药基因注释及分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 第三章 牛源志贺菌分离与鉴定 |
| 3.1 材料及仪器 |
| 3.1.1 病料来源 |
| 3.1.2 培养基及试剂 |
| 3.1.3 主要仪器 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 样品采集及预处理 |
| 3.2.2 细菌分离及初步鉴定 |
| 3.2.3 16SrDNA鉴定 |
| 3.2.4 生化鉴定 |
| 3.2.5 血清型鉴定 |
| 3.2.6 其他病原菌鉴定 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 细菌分离鉴定结果 |
| 3.3.2 志贺菌生化鉴定 |
| 3.3.3 志贺菌血清型鉴定 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 第四章 牛源志贺菌分子分型 |
| 4.1 材料与仪器 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 仪器 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 PFGE |
| 4.2.2 MLST |
| 4.2.3 MLVA |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 福氏志贺菌分型结果 |
| 4.3.2 宋内志贺菌分型结果 |
| 4.3.3 痢疾志贺菌分型结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 第五章 志贺菌分离株毒力及耐药性分析 |
| 5.1 材料及仪器 |
| 5.1.1 试验菌株 |
| 5.1.2 试验动物 |
| 5.1.3 主要试剂 |
| 5.1.4 药敏纸片 |
| 5.2 试验方法 |
| 5.2.1 动物致病性试验 |
| 5.2.2 毒力基因检测 |
| 5.2.3 药敏试验 |
| 5.2.4 耐药基因检测 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 动物致病性试验结果 |
| 5.3.2 毒力基因检测结果 |
| 5.3.3 药敏试验结果 |
| 5.3.4 耐药基因检测 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 第六章 痢疾志贺菌SD170912基因组分析 |
| 6.1 样品及仪器 |
| 6.2 试验方法 |
| 6.2.1 细菌DNA提取 |
| 6.2.2 文库构建及测序 |
| 6.2.3 生物信息分析 |
| 6.3 测序结果及分析 |
| 6.3.1 数据概况 |
| 6.3.2 基因组概况 |
| 6.3.3 基因组组分分析 |
| 6.3.4 基因功能分析 |
| 6.3.5 毒力和致病性分析 |
| 6.3.6 耐药基因分析 |
| 6.4 讨论 |
| 6.5 小结 第七章 全文结论 参考文献 致谢 作者简历 |
（9）上海市部分医院致泻性大肠杆菌和弯曲菌临床分离株的耐药性与分子分型（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 食品安全与食源性致病菌 |
| 1.2 致泻性大肠杆菌 |
| 1.2.1 病原学 |
| 1.2.2 流行病学 |
| 1.2.3 致病机制 |
| 1.3 弯曲菌 |
| 1.3.1 病原学 |
| 1.3.2 流行病学 |
| 1.3.3 致病机制 |
| 1.3.4 细胞侵袭 |
| 1.4 分子分型技术 |
| 1.4.1 脉冲场凝胶电泳 |
| 1.4.2 多位点序列分型 |
| 1.5 食源性致病菌耐药性 |
| 1.5.1 抗生素的种类 |
| 1.5.2 耐药流行病学 |
| 1.5.3 耐药监控系统 |
| 1.5.4 耐药分子机制 |
| 1.6 食源性致病菌监控系统 |
| 1.7 研究目的和意义 |
| 第二章 致泻性大肠杆菌的耐药和流行特征 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 细菌分离培养 |
| 2.2.3 生化鉴定 |
| 2.2.4 血清学鉴定 |
| 2.2.5 PCR鉴定 |
| 2.2.6 抗生素耐药性检测 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 流行病学特征 |
| 2.3.2 毒力基因 |
| 2.3.3 抗生素耐药谱 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 产肠毒素大肠杆菌的分子鉴定 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 细菌的分离培养 |
| 3.2.3 血清学鉴定 |
| 3.2.4 抗生素耐药检测 |
| 3.2.5 MLST |
| 3.2.6 PFGE |
| 3.2.7 毒力基因检测 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 分子分型结果 |
| 3.3.2 毒力基因分布 |
| 3.3.3 菌株耐药性 |
| 3.3.4 高风险克隆系鉴定 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 腹泻儿童弯曲菌分离株的流行和致病特征 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 培养条件优化 |
| 4.2.3 菌株的分离培养 |
| 4.2.4 MLST |
| 4.2.5 抗生素耐药性分析 |
| 4.2.6 毒力基因检测 |
| 4.2.7 Caco-2 细胞的黏附和侵袭 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 弯曲菌的分离培养 |
| 4.3.2 分子分型结果 |
| 4.3.3 菌株耐药谱 |
| 4.3.4 毒力基因检测 |
| 4.3.5 Caco-2 细胞的黏附和侵袭 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 多重耐药弯曲菌分离株的基因型特征 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 材料 |
| 5.2.2 耐药性检测 |
| 5.2.3 多重耐药菌株筛选 |
| 5.2.4 PFGE |
| 5.2.5 耐药基因检测及序列分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 多重耐药菌株的筛选 |
| 5.3.2 PFGE分型 |
| 5.3.3 耐药基因检测 |
| 5.3.4 cme R-cmeA转录间隔区分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 结论与展望 |
| 6.1 主要结论 |
| 6.2 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录一 缩写词 |
| 附录二 123 株肠产毒性大肠杆菌的临床信息和携带的毒力基因 |
| 附录三 110 株从五岁以下腹泻儿童中分离的弯曲菌的鉴定 |
| 附录四 151 株多重耐药弯曲菌的耐药谱和耐药基因检测 |
| 附录五 新鉴定的多重耐药弯曲菌cme R-cmeA转录间隔区片段 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间发表或录用的论文 |
（10）我国宋内志贺菌流行特征、耐药性及变异研究（论文提纲范文）
| 缩略词 中文摘要 ABSTRACT 前言 |
| 1. 志贺菌生物学特征 |
| 2. 国内外研究现状 |
| 2.1 流行现状研究 |
| 2.2 耐药性研究 |
| 2.3 宋内志贺菌进化研究 |
| 3. 立题背景 |
| 4. 研究内容及思路 |
| 4.1 宋内志贺菌的流行特征分析 |
| 4.2 遗传多态性分析 |
| 4.3 宋内志贺菌耐药性和耐药机制分析 |
| 4.4 宋内志贺菌全基因组测序及表型变异的分子机制研究 |
| 4.5 lac operon基因缺失突变株的构建及其相关功能的验证 第一章 志贺菌的鉴定及流行分布分析 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.2.1 试剂 |
| 1.2.2 仪器 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 菌株的复苏与保存 |
| 2.2 菌株血清型鉴定 |
| 2.3 宋内志贺菌生化表型的鉴定 |
| 2.3.1 API 20E生化试剂条法 |
| 2.3.2 沙门氏菌显色培养基鉴定ONPG表型 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 血清学鉴定结果 |
| 3.1.1 宋内与福氏志贺菌的地区分布 |
| 3.1.2 宋内与福氏志贺菌的时间分布 |
| 3.2 宋内志贺菌ONPG表型鉴定结果 |
| 3.2.1 不同表型宋内志贺菌的地区分布 |
| 3.2.2 不同表型宋内志贺菌的时间分布 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 第二章 宋内志贺菌遗传多态性分析 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 主要试剂以耗材 |
| 1.3 仪器 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1 各类缓冲液 |
| 2.2 PFGE流程 |
| 2.2.1 胶块的制备 |
| 2.2.2 胶块中细菌的裂解 |
| 2.2.3 洗胶块 |
| 2.2.4 胶块的酶切 |
| 2.2.5 加样与制胶 |
| 2.2.6 电泳 |
| 2.2.7 染色、脱色与拍照 |
| 2.2.8 结果分析 |
| 3. 实验结果 |
| 3.1 PFGE图谱 |
| 3.2 部分地区 PFGE 聚类分析 |
| 3.2.1 北京地区宋内志贺菌PFGE聚类分析 |
| 3.2.2 上海地区宋内志贺菌PFGE聚类分析 |
| 3.2.3 沈阳地区宋内志贺菌PFGE聚类分析 |
| 3.2.4 甘肃地区宋内志贺菌PFGE聚类分析 |
| 3.2.5 河南地区宋内志贺菌PFGE聚类分析 |
| 3.3 ONPG阴性宋内志贺菌PFGE聚类分析 |
| 3.4 最小生成树分析 |
| 4. 讨论 |
| 5 小结 第三章 宋内志贺菌耐药性分析 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.2.1 试剂 |
| 1.2.2 仪器 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1 细菌的复苏与传代培养 |
| 2.2 菌株的接种 |
| 2.3 孵育 |
| 2.4 读取测试结果 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 宋内志贺菌与福氏志贺菌耐药耐药结果 |
| 3.2 所有宋内志贺菌的耐药结果 |
| 3.3 所有福氏志贺菌志贺菌的耐药结果 |
| 3.4 宋内志贺菌与福氏志贺菌耐药性比较 |
| 3.5 宋内志贺菌耐药性随时间的变化情况 |
| 3.6 宋内志贺菌地区间耐药性比较 |
| 3.7 ONPG阴阳性宋内志贺菌耐药性比较 |
| 3.8 ONPG阴阳性宋内志贺菌耐药性随年代的变化情况 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 第四章 宋内志贺菌耐药机制分析 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.2.1 试剂 |
| 2. 方法 |
| 2.1 细菌模板的提取 |
| 2.2 引物设计 |
| 2.3 耐药基因的扩增 |
| 2.4 产物电泳、测序及比对 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 广谱 β-内酰胺酶（ESBLs）耐药基因结果 |
| 3.2 整合子相关耐药基因结果 |
| 3.3 喹诺酮类相关耐药基因结果 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 第五章 宋内志贺菌全基因组测序及表型变异的分子机制研究 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 菌株 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.2.1 主要试剂 |
| 1.2.2 仪器 |
| 1.2.3 引物序列 |
| 2 实验方法 |
| 2.1.细菌的复苏培养 |
| 2.2 细菌基因组提取 |
| 2.3 细菌全基因组测序及分析 |
| 2.3.1 全基因组测序 |
| 2.3.2 比较基因组分析 |
| 2.3.3 进化树构建 |
| 2.4 缺失基因的PCR验证 |
| 3. 实验结果 |
| 3.1 宋内志贺菌基因组测序结果及初步分析 |
| 3.1.1 测序菌株的基因组组装结果 |
| 3.1.2 宋内志贺菌基因组初步分析 |
| 3.1.3 乳糖操纵子基因元件序列比对结果 |
| 3.1.4 ONPG阴性菌lac operon区域全基因组比对结果 |
| 3.2 ONPG阴性菌lac operon区域基因缺失结果 |
| 3.3 SNP位点检测及相关的初步分析 |
| 3.3.1 SNP位点的检测及分布情况 |
| 3.3.2 系统发育树构建结果 |
| 4. 讨论 |
| 5. 小结 第六章 lac operon基因敲除株的构建及其相关功能的验证 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 菌株及质粒 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.2.1 主要试剂 |
| 1.2.2 仪器 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1 线性打靶DNA序列的构建 |
| 2.1.1 上下游同源臂的构建 |
| 2.1.2 带有FRT标签的卡那霉素抗性片段的扩增 |
| 2.1.3 产物回收 |
| 2.1.4 上下游同源臂及带有FRT标签的卡那霉素抗性片段的融合 |
| 2.1.5 测序验证 |
| 2.2 宋内志贺菌感受态的制备及 PKD46 质粒的导入 |
| 2.2.1 宋内志贺菌感受态的制备 |
| 2.2.2 PKD46质粒的导入 |
| 2.3 线性融合片段的导入与重组菌株的筛选 |
| 2.3.1 线性片段的导入 |
| 2.3.2 重组菌株的筛选 |
| 2.3.3 卡那霉素抗性基因片段的去除 |
| 2.4 突变株与野生株生化表型验证 |
| 2.4.1 API 20E生化表型鉴定 |
| 2.4.2 API 50CH生化表型鉴定 |
| 2.4.3 Biolog GNⅢ生化鉴定结果 |
| 2.5 敲除株与野生株生长曲线 |
| 2.6 毒力比较分析 |
| 3. 实验结果 |
| 3.1 敲除株构建结果 |
| 3.1.1 线性同源臂融合结果 |
| 3.1.2 突变株测序验证 |
| 3.2 敲除株与野生株生化特性比较 |
| 3.2.1 API 20E结果 |
| 3.2.2 API 50CH结果 |
| 3.2.3 Biolog GNⅢ微生物鉴定板生化鉴定 |
| 3.3 生长曲线结果 |
| 3.4 毒力比较结果 |
| 4. 讨论 |
| 5. 小结 总结 参考文献 个人简历 致谢 |
四、临床分离的志贺菌耐药性分析（论文参考文献）
- [1]山西省2014-2019年小儿感染性腹泻病细菌谱及耐药性变化分析[D]. 冯莉茹. 山西医科大学, 2021(01)
- [2]273例细菌性腹泻患儿的病原分布特征及药敏试验分析[D]. 周春艳. 大理大学, 2021(09)
- [3]我国福氏志贺菌基因组进化研究[D]. 杨朗. 军事科学院, 2020(02)
- [4]好氧堆肥对畜禽养殖粪污中抗生素耐药整合子的影响规律研究[D]. 唐伟欣. 东北林业大学, 2020(02)
- [5]肠道致病菌中志贺菌和沙门菌的分布及耐药性分析[J]. 赵会海,张盼,张海谱,秦立霞. 海南医学, 2020(03)
- [6]腹泻与健康仔猪粪便菌群的比较及致病菌的分离与耐药性研究[D]. 汪群. 华南理工大学, 2019
- [7]临床分离志贺氏菌体内外联合用药研究及质粒介导阿奇霉素的耐药基因检测[D]. 刘艳艳. 安徽医科大学, 2018(04)
- [8]牛肠道菌群携带耐药基因分析与志贺菌分离、分型及耐药性研究[D]. 朱阵. 中国农业科学院, 2018(01)
- [9]上海市部分医院致泻性大肠杆菌和弯曲菌临床分离株的耐药性与分子分型[D]. 潘海建. 上海交通大学, 2016
- [10]我国宋内志贺菌流行特征、耐药性及变异研究[D]. 王建. 中国人民解放军军事医学科学院, 2016(11)