一、PCR产物直接测序还是克隆测序?——密叶杉属rDNAITS序列的测定方法（论文文献综述）
王晖,时玲玲,周珏,朱国萍[1]（2018）在《基于DNA条形码分析的霍山石斛及其常见混伪品的初步研究》文中提出该研究选择叶绿体基因rbcL,matK及核基因组ITS2序列初步探讨石斛属植物的系统发育关系,筛选可用于石斛属药用植物鉴定的DNA条形码通用序列,分析应用DNA条形码对霍山石斛及伪品进行品种鉴定的可能性。使用ITS2,rbcL,matK序列的通用引物对石斛属植物进行扩增测序,通过比较各序列的扩增和测序成功率,种内和种间的变异等指标,运用Bio Edit,MEGA 5. 0等软件分析序列,构建NJ分子系统树,进而评价不同序列的鉴定能力。结果表明ITS2序列不仅在石斛属种内变异和种间变异最大,而且有明显的条形码间隙,种内变异和种间变异重合较少,ITS2序列不同石斛种形成单系分支的百分比也最高,能较好地区分不同种类的石斛。rbcL和matK序列扩增成功率低、NJ系统树可靠性不高,rbcL和matK序列构建的系统树中形成单系的物种支持百分比例均较低。因此ITS2序列可以作为DNA条形码用来鉴别霍山石斛和铜皮石斛、铁皮石斛。
张子雄[2]（2018）在《柱花草花粉不育基因连锁的分子标记筛选及其SCAR标记的转化》文中进行了进一步梳理圭亚那柱花草（Stylosanthes guianensis）为豆科（Leguminosae）柱花草属（Stylosanthes Sw）多年生植物。它是世界热带地区利用广泛的豆科牧草,也是我国南方豆科牧草的主栽品种。其可供放牧利用、刈割青饲、果园间作或绿肥生产。随着分子生物学的快速发展,各种不依赖于环境影响的分子标记的开发也在迅速发展,同时分子标记也为育种提供了有效手段。目前随着分子标记的发展,柱花草进行了种质资源鉴定分类、构建遗传图谱和植物分类等方面的相关研究,但在关于柱花草杂交后代育性分离群体的ISSR标记、SRAP标记和SCAR标记研究还不够完善。本研究以1979（雄性不育）柱花草为母本,以热研5号柱花草、热研2号柱花草、TPRC273柱花草和TPRC90075柱花草为轮回父本,依次命名为组合A、B、C、D,获得了 BC1F1可育和不育分离群体。在此基础上,本研究以BC1F1代分离群体为研究对象,利用ISSR和SRAP分子标记技术结合BSA法,筛选与柱花草花粉不育基因连锁的ISSR及SRAP特异分子标记,并将之转化为稳定的SCAR标记,为后续柱花草杂交育种工作奠定了良好的基础。本研究的主要结果如下:（1）以改良的CTAB法提取BC1F1代可育和不育分离群体基因组DNA,分别构建了这四个BC1F1代分离群体的花粉不育和可育基因池。（2）优化了 ISSR分子标记的最佳PCR反应体系。其体系总体积为15μL,包括模板 DNA 75 ng,ISSR 引物 0.66 μmol/L,2×EasyTaq PCR SuperMix for PAGE（含染料）7.5 μL。（3）从100条ISSR引物中共筛选到33条引物在四个组合的BC1F1代群体的花粉不育基因池中表现出多态性。其中组合A筛选出9条引物,扩增出14条特异条带,并在BCiF1代分离群体中成功验证5个特异性标记,其中UBC807-950、UBC834-500和UBC835-600发生重组,重组率分别为3.33%、3.33%和13.33%。组合B筛选出11条引物,扩增出15条特异条带,并在BC1F1代分离群体中成功验证12个特异性标记,其中 UBC808-650、UBC816-600、UBC817-300、UBC817-500、UBC836-250、UBC840-200 和 UBC881-220 发生重组,重组率分别为 23.33%、20.00%、6.67%,13.33%、10.00%、3.33%和3.33%。组合C筛选出8条引物,扩增出9条特异条带,并在BC1F1代分离群体中成功验证8个特异性标记,其中UBC811-650发生重组,重组率16.67%。组合D筛选出5条引物,扩增出7条特异条带,并在BC1F1代分离群体中成功验证4个特异性标记,其中UBC841-700和UBC853-550标记发生重组,重组率分别为10.00%和 6.67%。（4）从400对SRAP引物中共筛选到38对引物在四个组合的BC1F1代群体的花粉不育基因池中表现出多态性。其中组合A中筛选出11对引物,扩增出12条特异条带,并在BC1F1代分离群体中成功验证7个特异性标记,其中M1E18-550、M14E20-150和M14E20-500发生重组,重组率分别为3.33%、10.00%和6.67%。组合B筛选出7对引物,扩增出7条特异条带,并在BC1F1代分离群体中成功验证3个特异性标记,其中M11E8-200发生重组,重组率6.67%。组合C筛选出7对引物,扩增出8条特异条带,并在BC1F1代分离群体中成功验证4个特异性标记,其中M10E19-400和M13E12-80发生重组,重组率为6.67%和10.00%。组合D筛选出13对引物,扩增出13条特异条带,并在BC1F1代分离群体中成功验证8个特异性标记,其中M2E10-350、M5E10-300、M6E2-550和M6E7-450标记发生重组,重组率分别为 3.33%、3.33%、6.67%和 6.67%。（5）将筛选获得的ISSR和SRAP分子标记建立与不育基因遗传连锁关系图。组合A中12个标记与柱花草花粉不育基因连锁,5个ISSR标记UBC807-950（1.3cM）、UBC834-500（1.4cM）、UBC835-400（OcM）、UBC835-600（8.3cM）和 UBC835-700（2.OcM）;7个SRAP标记M1E18-550（1.4cM）、M2E18-250（0cM）、M4E1-180（0cM）、M4E14-200（OcM）、M9E16-600（0cM）、M14E20-150（6.4cM）和M14E20-500（4.2cM）。组合B 中 15个标记与柱花草花粉不育基因连锁,其中12个ISSR标记UBC808-350（0cM）、UBC816-400（0cM）、UBC824-150（0cM）、UBC836-400（OcM）、UBC843-200（0cM）、UBC808-650（14.8cM）、UBC816-600（14.3cM）、UBC817-300（3.6cM）、UBC817-500（9.0cM）、UBC836-250（6.3cM）、UBC840-200（1.7cM）和UBC881-220（1.7cM）;3个SRAP标记M1E18-300（0cM）、M11E8-200（3.2cM）和M14E13-650（0cM）。组合C中 11 个标记与柱花草花粉不育基因连锁,其中8个ISSR标记UBC807-400（OcM）、UBC811-200（0cM）、UBC820-350（0cM）、UBC824-300（0cM）、UBC834-200（OcM）、UBC846-300（0cM）、UBC853-450（0cM）和 UBC811-650（11.2cM）;3 个 SRAP 标记 M10E19-400（3.5cM）、M13E12-600（0cM）和M17E10-500（0cM）。组合D中12个标记与柱花草花粉不育基因连锁,其中4个ISSR标记UBC841-300（0cM）、UBC853-400（0cM）、UBC841-700（6.8cM）和 UBC853-550（4.1cM）;8 个 SRAP 标记 M1E2-300（0cM）、M4E1-150（0cM）、M5E9-300（0cM）、M15E16-350（0cM）、M2E10-350（1.7cM）、M5E10-300（1.4cM）、M6E2-550（3.5cM）和 M6E7-450（3.OcM）。（6）将筛选出与不育基因连锁的标记回收测序,共设计了 20个ISSR-SCAR标记的特异性引物,其中组合A、B、C、D中分别设计了 3、8、7、2个SCAR标记引物。在SRAP-SCAR标记中,设计了 20个SRAP-SCAR标记的特异性引物,其中组合A、B、C、D中分别设计了 6、3、3、8个SCAR标记引物,上述标记均通过了其对应的BC1F1代分离群体的验证,在BC1F1代的不育群体中具有多态性,已经成功转化与柱花草不育基因连锁的SCAR分子标记。
祁雪[3]（2017）在《分子标记在花生属区组间杂种鉴定和进化研究上的应用》文中研究说明花生是我国重要的经济作物和油料作物,种植面积和产量均位居世界前列。随着人民生活水平的不断提高,对花生品质、产量以及抗性方面提出了更高要求。利用包括花生野生资源在内的种质资源,对于拓宽花生育种的遗传基础具有重要意义。我国花生古已有之,无论文字记载还是考古发现均早于哥伦布发现新大陆。据推测我国早期种植的花生属龙生型。在我国南方新近发现的野外自然生长的花生是野生种吗?包括龙生型花生在内的四大类型花生的进化地位如何?为了更好地利用花生野生种,也为了解答上述问题,本文从四个方面进行了研究:1.为培育突破性的高油酸抗逆花生新品种,以高油酸品种花育963为母本、不亲和野生花生作父本杂交,采用原位胚拯救技术直接收获花生不亲和种间杂种。利用MITE转座子标记对杂种F1真实性进行鉴定。结果表明,其中有35粒种子同时具有双亲条带,为真杂种,真杂种率为44.3%。近红外分析表明,真杂种油酸含量显着低于高油酸花生,为杂种真实性提供了旁证。2.对在我国南方野外发现的自然生长的8株花生核rDNA内转录间隔区（ITS）序列进行克隆测序,在此基础上构建花生属植物系统发育树,并结合形态特征探讨其分类学地位。结果表明,8株花生均属于花生区组。且其ITS序列均存在于Α基因组和非Α基因组中,排除其为二倍体野生种的可能。叶绿体DNA叶绿体DNA分析支持其母本祖先为单一起源。3.对四大类型栽培种花生的核rDNA ITS序列进行测定,构建了系统发育树。从分析结果看,核rDNA ITS序列分析对花生栽培种内的进化分析作用有限,有必要采用另外的分析手段。叶绿体DNA分析支持其母本祖先为单一起源。4.通过转座子标记引物对8株南方野外生长花生、10个四大类型栽培种花生农家种和5个花生属野生种共23个样品材料进行进化分析。发现南方野外生长花生与小花生（多粒型和珍珠豆型）聚为一支,而龙生型花生与普通型花生聚为一支。支持花生栽培种双亚种分类方案。注意到有的龙生型花生与普通型花生聚在一起,提示龙生型花生不是一个同质群体。本研究支持栽培种花生连续开花亚种来源于山地花生,且山地花生来源于野生种A.duranensis、A.ipanensis,但鉴于交替开花亚种比花生区组这3个野生种处于进化树靠近基部的位置,故推测交替开花亚种可能具有不同的来源。
程蓓蓓[4]（2016）在《中国红豆杉属分子谱系地理学与遗传多样性研究》文中进行了进一步梳理中国的红豆杉属（Taxus L.）植物资源丰富,分布广泛,中国植物志（1999）中记载有三种两变种。由于人们过度开发利用,已经处于濒危状态。因此了解红豆杉属植物天然群体的遗传多样性及遗传结构对于评价和保护红豆杉属的遗传资源具有重要理论价值。红豆杉属植物是第三纪孑遗物种,因此分子谱系地理学研究将为研究红豆杉属遗传多样性形成机制及推断该属物种迁移演化历史提供依据。本论文选取全中国范围内的红豆杉属各种典型分布区植物样本,开发并筛选出富含多态性的微卫星标记用于不同种群遗传多样性及遗传结构分析,同时开展了基于4个质体DNA序列片段和1个核基因片段的基因变异来分析国内现存5种红豆杉（包括变种）的谱系地理关系及遗传多样性水平,从而推测种群的历史动态,为制定遗传资源的保护策略提供理论依据。主要研究成果如下:（1）红豆杉属植物64个种群具有较高水平遗传多样性。联合的叶绿体序列片段得到44个单倍型,总的单倍型多样性Hd=0.7368,总的核苷酸多态性π=0.00396;线粒体基因片段检测出6种单倍型,整体的单倍型多态性Hd=0.4660,核苷酸多态性π=0.00066,HT=0.451。其中,东北红豆杉HT=0.662,须弥红豆杉复合类群HT=0.819;基于ITS基因序列检测出73种单倍型,总体水平的单倍型多样性Hd=0.9143,核苷酸多样性π=0.00891,总的遗传多样性HT=0.813。其中,东北红豆杉HT=0.750,须弥红豆杉复合类群HT=0.831;12对SSR引物检测我国红豆杉41个种群的遗传多样性,共检测288个等位基因,平均每个等位基因数为19.244个,平均期望杂合度He=0.479,且群体内的基因多样度（Ht）的平均值为0.498大于群体间的基因多样度（Hs）的平均值为0.282。综合比较,西南地区的横断山区和秦岭-大巴山区表现出高的遗传多样性,华东地区和华中地区及东北长白山区均表现相对较低的遗传多样性。（2）AMOVA分析遗传结构表明,基于质体DNA序列分析结果为种群间遗传变异显着大于种群内的遗传变异,而基于核基因（ITS序列和nrSSR标记）分析结果为种群内的遗传变异大于种群间遗传变异水平。主要因为国内红豆杉属植物为雌雄异株,其叶绿体DNA和线粒体DNA都是父系遗传,表现花粉流,而因其无花粉囊的花粉结构及处于林下次层林的特征,阻碍了花粉的传播而限制了花粉流,使得种群间变异大于种群内的遗传变异。而核基因遗传表现为种子流,红豆杉属植物的果实味道香甜,颜色鲜艳,深得部分鸟类的喜爱,从而得到长距离传播,促进了种子流,而降低了种群间的分化。（3）本研究检测到了红豆杉属植物的种群具有明显的谱系结构（核基因:GST=0.412,NST=0.792;叶绿体基因:GST=0.7840,NST=0.8280）,NST均显着大于GST（P<0.001）,从单倍型的严格一致性树和network图也可以看出,不同地区的单倍型得到较好的聚类,且Mantel检验结果也表明,红豆杉属植物的种群间的遗传距离与地理距离之间有显着的相关性,这也就表明红豆杉属植物的种群间也存在一定的地理隔离影响,这也是红豆杉属植物的种群间遗传分化和具有明显的谱系地理格局的重要原因。（4）种群历史上是否经历过扩张的检验结果表明,Tajima’s D检验表明符合中性突变进化,而失配分析的结果也未检测到红豆杉属植物种群经历过近期扩张,只有长白山区的失配分析曲线图表现为单峰,说明长白山区的种群可能经历了扩张。而从本研究所得的单倍型分布规律上看,主要存在两种形式,其一很多种群都具有其独特单倍型,其二,一些种群共享同一种单倍型,这些很有可能表明红豆杉分布区经历过异域片段化,存在多个避难所。
盛璐[5]（2015）在《铁线莲属植物的核型分析及分子系统学研究》文中指出铁线莲属（.Clematis L.）隶属于毛莨科（Ranunculaceae）,全世界约有230-355种,广泛分布于除南极洲外的各大洲。本研究在综合分析已有铁线莲属植物系统学研究成果的基础上,运用现代细胞学及分子生物学技术,采用核型、序列分析方法对铁线莲属植物的细胞学及分子系统学进行研究,为铁线莲属系统学分类提供一定的分子依据,也为铁线莲属种类的鉴定以及利用提供必要的证据。主要结果如下：1、研究铁线莲属7种植物的核型,其中粉绿铁线莲、西伯利亚铁线莲,短柱铁线莲、威灵仙、Clematis viorna均为首次报道,结果表明：（1）7种铁线莲属植物的染色体数目恒定,都为2n=2X=16,染色体基数为8,均为二倍体。（2）铁线莲属的染色体主要由中部着丝点（m）和具近端（st）或端部（t）着丝点染色体组成。7种铁线莲的核型类型全部为“2A2”,属于比较原始的类型。（3）将7种铁线莲与已报道的铁线莲,共计32种铁线莲进行聚类分析。32种铁线莲被分为五类。第一类包括女萎、转子莲等19种铁线莲。第二类包括紫花铁线莲,C. crispa等5种铁线莲。第三类为短柱铁线莲和C. viorna 2种铁线莲。第四类有长瓣铁线莲,Cjaponica等6种铁线莲。第五类包括吴兴铁线莲和圆锥铁线莲。2、测定铁线莲属植物18个种（或变种）ITS序列结果表明：（1）18种铁线莲的ITS（包括ITS1,5.8S和ITS2）序列长度范围为547-566bp,G+C含量平均为61.8%。从ITS1和ITS2的长度变异来看,ITS1长度范围为170-189bp,稍小ITS2 （210-214bp）。以白头翁属的白头翁和细叶白头翁,银莲花属的草玉梅,锡兰莲属的Naravelia laurifolia, Knowltonia属的Knowltonia sp作为外类群,比对排序后ITS全长为601个位点,其中变异位点为184个,信息位点为137个,分别占30.6%和21.1%。（2）基于测定的18种（或变种）铁线莲属植物的ITS序列结合外类群,通过最大简约法构建MP树。结果表明：将18种铁线莲分别聚为5类。褐毛铁线莲、棉团铁线莲、日本铁线莲、圆锥铁线莲聚为一类,支持率达到96%。（3）将18种铁线莲属植物的序列与从GenBank中下载的分属4个亚属13组的71种（或变种）铁线莲序列进行比较分析。ITS排序后的长度有612个位点。变异位点为230个,信息位点为180个,分别占ITS全序列的37.6%和29.4%。通过最大简约法构建MP树,将99条序列被分为了9大类。3、测定铁线莲属植物18个种（或变种）的matK、rpoB-trnC和psbA-trnQ序列结果表明：（1） matk全序列排序后为1403个位点,序列长度变化范围1397-1403bp,相差6bp。mark序列的G+C的含量为平均值32.2%。以锡兰莲属,Knowltonia属的植物为外类群。变异位点为85个,信息位点为18个,分别占ITS全序列的6.1%和1.3%。rpoB-trnC全序列排序后为1147个位点,长度变化范围1135-1146bp,相差llbp。rpoB-trnC序列的G+C的含量为30.3%-31.2%,平均值30.7%。psbA-trnQ全序列排序后为582个位点,序列长度变化范围540-562bp,相差22bp。psbA-trnQ序列的G+C的含量平均值34.7%。（2）基于测定的15种铁线莲属植物的matK, rpoB-trnC, psbA-trnQ联合序列结合外类群,通过最大简约法构建MP树。结果表明：15种铁线莲分为3类,槭叶铁线莲单独分为一支。（3）将15种铁线莲属植物的序列与从GenBank中下载的铁线莲matK, rpoB-trnC psbA-trnQ序列进行联合拼接,结合外类群,通过最大简约法构建MP树。结果表明：45份样品聚为4大类,matK, rpoB-trnC, psbA-trnQ联合序列的系统分类与单独序列分类存在差别。（4）将15种铁线莲属植物的序列与从GenBank中下载的铁线莲matK, rpoB-trnC, psbA-trnQ, ITS序列进行联合拼接,结合外类群,通过最大简约法构建MP树。结果发现：45份样品聚为8类,发现与ITS序列和matK, rpoB-trnC, psbA-trnQ联合序列构建MP树存在不同分类,可能铁线莲属植物的细胞核和细胞质进化速率并不同步。4、通过铁线莲属核型以及序列分析,发现铁线莲属是一个并系类群,其包含了锡兰莲属和Knowltonia属。在属下分类等级上,没有支持王文采系统以及其他任何一个形态学分类系统,所研究4亚属7组的18个种（或变种）以及下载的序列（4亚属13组）为多系或并系类群,组间关系错综复杂。
李永杰[6]（2012）在《龙血树属DNA条形码鉴定研究与SRAP标记聚类分析》文中研究说明龙血树属（Dracaena Vandelli ex Linnaeus）原产于非洲与亚洲的热带及亚热带地区,依照APG Ⅲ （Angiosperm Phylogeny Group Ⅲ）系统,属于天门冬科（Asparagaceae）,假叶树亚科（Nolinoideae）。全世界范围内大约有50种。广义的龙血树属还包括虎尾兰属（Sansevieria）。由于该属的大多数物种具有极高的药用及观赏价值,人们很早就对此投以关注。然而对于该属的系统分类一直存有很大的分歧,同时异名现象十分突出,形态鉴定比较困难。DNA条形码技术是一种利用标准的、短的DNA序列进行快速、准确的物种分类鉴定的新技术。本研究结合植物DNA条形码与SRAP （Sequence Related Amplified Polymorphism）标记技术,探讨龙血树属植物鉴定新方法,以期对龙血树属的系统分类研究提供新的分子证据。本研究以86份龙血树属及近缘属植物为研究材料,分别对其trnH-psbA、matK和ITS序列进行PCR扩增和测序（ITS序列克隆后测序）,比较各序列扩增及测序效率、种内种间变异,进行DNA barcoding分析,采用TAXON软件分析各序列及组合的物种鉴定成功率,并构建系统发育树状图。在DNA条形码研究的基础上,选取24份代表性材料利用SRAP标记技术进行聚类分析,以考察该技术在龙血树属分类鉴定中的应用潜力,同时评估两者的分析结果的一致性。本研究的主要结果有以下几点：（1）在对龙血树属DNA条形码候选序列的筛选中,从扩增测序成功率及种内种间变异方面来看,trnH-psbA序列均表现优异,matK序列则由于变异太小而未取得理想结果,ITS序列种间及种内变异最高且表现出明显的"barcoding gap ",但其测序困难,综合来看,ITS+matK+trnH-psbA片断组合可以作为理想的DNA条形码可以用于龙血树属的系统分类及鉴定研究。（2）在对龙血树属的SRAP标记聚类分析中,15对引物组合共扩出155条条带,其中多态性条带为135条,占87.1%,平均每对10条,最好的引物组合为F18Em6。利用NTSYS软件分析数据得出24份材料间的Jaccard相似系数变化范围为0.27-0.97,平均值为0.56。SRAP标记聚类分析与条形码研究取得了较一致的结果。（3）综合基于trnH-psbA、matK和ITS序列的条形码研究及SRAP标记分析结果,可以将供试材料中8份材料从龙血树属排除,推测其应为与丝兰属关系更近的近缘属植物。定名未命名种若干种。另外,DNA条形码研究结果显示,虎尾兰属与龙血树属亲缘关系很近,不能够将其从龙血树属中分出,关于两属的分立与合并尚需进一步的研究。（4）分子研究结果显示,不支持勐腊龙血树（D. menglaensis）为一新种,支持将其作为长花龙血树（D. angustifolia）一变种的观点；支持深脉龙血树（Dimpresivenia）为一独立种；支持河口龙血树（D. houkouensis）为一独立种。
董志国[7]（2012）在《中国沿海三疣梭子蟹群体形态、生化与分子遗传多样性研究》文中研究指明本研究在表型水平上应用多元分析（聚类分析、主成分分析、判别分析）对中国沿海三疣梭子蟹群体的形态学、脂肪酸与微量元素进行了比较研究，并在群体遗传水平上应用多种分子标记技术（ITS、D-Loop、AFLP、SSR）对其群体的遗传多样性和遗传分化进行了系统研究，以期为三疣梭子蟹种质资源合理开发利用提供基础性数据和参考。具体内容如下：（1）运用三种多元分析方法，即聚类分析、主成分分析和判别分析，通过测量三疣梭子蟹23个形态学性状参数，对中国海大连海区、东营海区、连云港海区、舟山海区和湛江海区5个种群三疣梭子蟹的形态差异进行了比较研究。聚类分析结果表明，连云港种群和东营种群形态最为相似（形态距离0.07），大连种群与东营种群、大连种群与舟山种群的趋异程度逐渐增加，形态距离分别为0.08和0.09，而湛江种群的趋异程度最大，与其余4种群的形态距离达0.15以上。主成分分析构建了3个主成分，其贡献率：主成分1为27.39%，主成分2为15.23%，主成分3为10.27%，累积贡献率为52.89%。在第1主成分中，比例性状ICM/CL、BCW/CL、PWC/CL和SW/CL的影响比较大。判别分析结果表明，5个海区种群之间的形态差异极显着（P<0.01），通过建立5个地理种群的判别函数，结果判别准确率P1为63.64%～94.44%， P2为67.74%～92.86%，综合判别率为82.24%，因此，该判别方程具有较高的判别效果。（2）为探明分布于中国四大海区的天然三疣梭子蟹群体脂肪酸组成状况及群体差异，并建立群体判定的指纹标记以应用于种质鉴定和资源保护。本文应用脂肪酸指纹标记结合多元分析方法在表型水平上研究中国四大海区中湛江、大连、连云港、东营、舟山和漳州海区6个天然种群三疣梭子蟹的脂肪酸差异和系统发生关系，并建立了群体判定的脂肪酸指纹标记。结果表明，四大海区6种群体三疣梭子蟹脂肪酸存在显着差异（P<0.01），均含有27种脂肪酸。其中，反式油酸、棕榈酸、DHA、EPA和芥酸这5种脂肪酸的总含量在6群体中均高达82%以上。油酸、二十碳一烯酸、芥酸、ARA和EPA这5种脂肪酸作为脂肪酸指纹标记可以有效的对中国四大海区的6群体三疣梭子蟹进行种质鉴定，其综合判别准确率达88.46%。应用所含的27种脂肪酸进行聚类分析显示四大海区6种群三疣梭子蟹系统聚类结果与地理距离不具有显着相关性，这种脂肪酸组成的群体差异可能与遗传和栖息地食物组成差异有关。本研究结果对于中国海三疣梭子蟹的种质鉴定和原产地资源保护具有重要的应用价值。（3）运用聚类分析、主成分分析和判别分析，通过CAP6300等离子体测定三疣梭子蟹背甲11种微量元素含量参数，对中国海大连海区、东营海区、连云港海区、漳州海区4个种群三疣梭子蟹背甲的微量元素差异进行了比较研究。聚类分析结果表明连云港种群（LYG）与东营种群（DY）欧氏距离最小为0.55，最为接近，大连种群（DL）与东营种群（DY）和连云港种群（LYG）群这两种群的趋异程度逐渐增加，欧氏形态距离为0.59，而漳州种群（ZZ）与上述四个种群的形态距离最大，均在1.36以上，特别是漳州种群（ZZ）和连云港（LYG）种群形态距离达到1.76，趋异程度最大。运用主成分分析产生了3个主成分，它们贡献率分别为：第1种主成分为33.56%，第二种主成分为23.20%，第三种主成分为16.02%，总贡献率为72.78%，在第1主成分中，微量元素Co、Mn占主导作用。根据判别分析结果得出：4个海区种群之间背甲的微量元素显着（P<0.01），通过建立一个可以判别4个地理种群的函数，准确率P1为100%。因此，该判别具有较高的判别效果。（4）利用AFLP标记分析了我国六个地理种群三疣梭子蟹（Portunustrituberculatus）遗传多样性和遗传结构。8对引物组合在85个个体生成894个位点,结果显示,在这些群体具有很高的多态性。多态位点比例（PPB）从57.41%（ZS群体）-76.86%（DL群体），据PPL、I和h,6种群遗传多样性有显着差异（p <0.05）, ZZ,DY和DL的遗传变异最大，遗传多样性最高。为探讨群体间的分化,中国海整个三疣梭子蟹群体FST有适度的遗传分化，（p <0.01），基因流Nm and GST分别为1.9354和0.2053。6群体除LYG和DL、ZS和ZJ、ZZ和DY的分化不明显FST <0.05、Nem>5，而其他组合均存在较明显分化，特别是ZS与其它4群体产生了高度的遗传分化，FST>0.25、Nem为0.5-0.7，基因流极低。ZJ分别与LYG、DL、DY3群体发生了中度分化，FST为0.18-0.23，Nem为0.63-0.93。总之,在6群体ZS和ZJ具有高遗传变异和高度的遗传分化，ZS、ZJ和LYG这三个群体面临相当大的选择性压力。（5）以大连（DL）、东营（DY）、连云港（LYG）、舟山（ZS）、湛江（ZJ）和漳州（ZZ）6个三疣梭子蟹地理种群为研究对象，采用线粒体控制区D-loop全基因序列为分子标记，对中国海三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性及群体遗传结构进行了分析。结果发现，在用于分析的1141bp的D-loop全基因序列中共有185个变异位点，129个简约信息位点。60个个体中共计48个单倍型，基因多样性和核苷酸多样性指数显示中国沿海三疣梭子蟹群体具有较高的遗传多样性，而且三疣梭子蟹在过去没有出现很强的选择效应，群体大小稳定。6种群三疣梭子蟹遗传分化指数（FST）为0.1897（P<0.05），将中国沿海三疣梭子蟹作为一个大群体来讲已产生了一定的分化。LYG分别和DY，ZJ、ZZ，以及ZJ和ZZ这4组之间无明显分化，基因流较大（Nem>5），而其他11个群组间已存在一定程度的分化。遗传距离与地理距离不存在显着的相关性，群体发生与扩散可能有更复杂的原因。（6）利用ITS分子标记技术来探讨我国三疣梭子蟹的种质资源，目前应用的比较少。采用分子克隆方法对中国海6种群的三疣梭子蟹进行ITS1研究，使用DNASTAR、MEGA、Arlequin311等软件对测序结果进行处理，进而研究不同海区三疣梭子蟹的遗传多样性与遗传分化。结果显示：A、T、C、G四种碱基的含量在6种群内的变化不大；在ITS1序列中发现两个（TAC）n微卫星；6种群的三疣梭子蟹的转换/颠换比值平均为1.213。根据遗传距离，可以得出漳州和湛江群体之间最小为0.00651，而舟山和大连之间的最大为0.01111。在三疣梭子蟹内，湛江和漳州群体分为一小支，与大连、连云港聚为一支，东营和舟山群体则分为另一支。群体FST显示三疣梭子蟹6种群的遗传分化处于中度分化水平。（7）采用磁珠富集法成功构建了三疣梭子蟹基因组微卫星文库,采用限制性内切酶MseⅠ对三疣梭子蟹基因组DNA酶切,用MseⅠ接头连接;用生物素标记的寡核苷酸探针（GA）15进行筛选,磁珠富集含有微卫星的DNA单链序列;对DNA模板进行PCR扩增,连接pUCm-T载体,转入用氯化钙制备的感受态大肠杆菌中,得到微卫星序列文库;利用蓝白斑筛选获得113个阳性克隆,对其测序,得85个含微卫星序列,完美型、非完美型、复合型序列分别占总数的64.71%、22.35%、12.94%。最终选择设计出31个理想的微卫星引物，用一个人工养殖群体进行了检验，18个新的微卫星标记被验证具有多态，等位基因数2-4，群体平水上的Ho和He分别间于0.1481-0.8621和0.4898-0.7475,2个位点显着偏离Hardy–Weinbergequilibrium （P<0.01）。为三疣梭子蟹种质评价与遗传育种研究奠定了科学基础。为开发更多有用的多态性标记，用（CA）15为探针，对连云港30个野生三疣梭子蟹进行了扫描，结果设计的19对引物共筛选出条带清晰稳定、多态性高的引物14对，见表2。14个标记中，等位基因数3-9个，群体水上的Ho和He分别间于0.5417-1和0.6164-0.8404,为三疣梭子蟹种质评价与遗传育种研究奠定了科学基础。（8）为探明三疣梭子蟹养殖群体对野生资源的遗传影响，本文利用20对SSR引物对于来自海州湾三疣梭子蟹野生群体与两个养殖群体进行群体遗传结构和遗传分化的研究。结果表明，野生种群遗传多样性明显高于养殖群体，Ho=0.8509，而两养殖群体的杂合度低于野生群体，Ho分别为0.4525和0.5283。经单因子方差分析显示海州湾野生三疣梭子蟹的Ne、Ho、He、PIC均显着高于两养殖群体（P<0.05），但两养殖群体的Ne、Ho、He、PIC均无显着差异（P<0.05）。以上结果说明海州湾天然三疣梭子蟹群体的遗传多样性显着高于养殖群体。三群体的Fst间于0.1085-0.1448间，处于中度分化状态，Nm处于1.5-2.0间，野生群体与养殖群体的遗传分化要较养殖群体内部之间更大，基因流也较养殖群体内部之间要小，表明野生群体与养殖群体存在一定的分化，基因流处于中等程度。总之，当前海州湾三疣梭子蟹遗传状况良好，但要定期监测天然资源的遗传状况，防止养殖活动和增殖放流对现有遗传资源产生影响。
杨海旭,王洋,赵彦檩,赵锦,刘孟军[8]（2011）在《赞皇大枣枣疯病植原体分子分类》文中进行了进一步梳理【目的】枣疯病是一种重要的植原体病害,本试验旨在明确惟一已知的天然三倍体品种--赞皇大枣枣疯病植原体的分类地位,为赞皇大枣枣疯病植原体分类研究提供参考。【方法】利用植原体16S rDNA通用引物对赞皇大枣枣疯病病株的DNA进行PCR扩增和克隆测序,通过BLAST比对进行序列分析,利用临位相连法构建16S rDNA系统演化树,并应用DNAstar软件进行虚拟RFLP分析。【结果】获得的赞皇大枣枣疯病植原体16S rDNA序列长度为1 850 bp（GenBank登录号GU184180）,包括1 529 bp的16S rDNA基因全序列、264 bp的邻近间隔区序列及57 bp的23S rDNA部分基因序列。同源分析表明,赞皇大枣枣疯病病原16S rDNA序列与其它植原体的相似性在87%—98%,其中与榆树黄化Elm yellows（EY）（GenBank登录号l33763）最高相似性为98%;与大多数二倍体枣品种的植原体序列相似率达99%以上;其虚拟RFLP图谱与4个16SrⅤ亚组的代表序列图谱差异显着,赞皇大枣枣疯病植原体延伸因子tuf基因的序列（GenBank登录号JN001985）比对结果表明,与其它亚组序列同源性为52.3%—76.7%。【结论】三倍体赞皇大枣枣疯病病原属于榆树黄化组（16Sr V）,并与其中的B亚组亲缘关系最近;与二倍体品种的病原分类地位一致,说明枣疯病植原体在系统进化上比较保守。
丁婷,岳磊,余波澜,周华,袁静茹,刘敏,孙筱放[9]（2011）在《直接测序与克隆测序检测不育男性H19基因甲基化印记的比较》文中研究指明目的建立亚硫酸氢盐修饰后测序技术,比较直接测序与克隆测序在不育男性精子印记基因DNA甲基化状态检测中的差别。方法对样本进行精液分析和精子形态学分析,密度梯度离心法制备精液。提取精液基因组DNA并行亚硫酸氢盐处理,行半巢式PCR,将纯化后PCR产物与pCR?2.1-TOPO?载体连接及转化,分别对PCR产物及阳性克隆菌液进行测序。结果 PCR产物直接测序,前半部分序列丢失约40bp,1号CpG位点甲基化状态信息丢失。每例标本只有一个测序结果,会出现CpG位点的部分甲基化状态。挑取15个克隆进行测序,序列无丢失,18个CpG位点甲基化状态信息均完整。15个克隆CpG位点甲基化状态有所不同,显示出此样本的平均甲基化状态。结论克隆测序不会造成序列丢失,CpG位点甲基化状态信息完整,克隆测序能较好地反应样本的平均甲基化状态。
刘娜娜[10]（2010）在《黄杨属部分植物nrDNA ITS序列测定及亲缘关系分析》文中认为黄杨属（Buxus）植物多供观赏,种类较多,分类较为混乱。本文测定了黄杨属的5个种和中国特有的珍惜濒危植物珍珠黄杨（Buxus sinica var. parvifolia）的5个居群核rDNA ITS序列,通过ITS-PCR体系优化、ITS序列测序方法对比,获得ITS序列。另外从Genbank获得9个黄杨属植物与外类群野扇花（Sarcococca ruscifolia）和顶花板凳果（Pachysandra terminalis）的ITS序列。运用Phylip软件对所获得的ITS序列进行分析,构建了黄杨属系统发育树,分析了所及植物之间的亲缘关系。研究结果如下:①在总体积50μL的反应体系中,建立了Mg2+浓度2.0mmol/L、引物浓度0.3μmol/L、dNTP浓度0.3mmol/L、DNA模板浓度240ng/50μL、Taq DNA聚合酶的用量1.75U/50μL、退火温度56℃的最佳ITS-PCR扩增条件。此优化体系保证了珍珠黄杨ITS-PCR产物的纯度和质量要求。珍珠黄杨ITS片段克隆测序后结果为642bp。②克隆测序对大花黄杨和珍珠黄杨的ITS区均可成功测序;直接产物测序能对珍珠黄杨的ITS1、ITS2区分别成功测序,却只对大花黄杨的ITS1区成功测序。相比直接测序,克隆测序更简便易行、能够快速准确地得出测序结果,适合黄杨属植物ITS的序列测定。③相比锦熟黄杨（B. sempervirens）,珍珠黄杨（B.sinica var. parvifolia）与瓜子黄杨（B. sinica）的亲缘关系更近;但珍珠黄杨并非瓜子黄杨的变种;Genbank中Buxus microphylla var.japonica与B. riparia为同种植物;Genbank中Buxus balearica与雀舌黄杨（Buxus bodinieri）为同种植物。
二、PCR产物直接测序还是克隆测序?——密叶杉属rDNAITS序列的测定方法（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、PCR产物直接测序还是克隆测序?——密叶杉属rDNAITS序列的测定方法（论文提纲范文）
（1）基于DNA条形码分析的霍山石斛及其常见混伪品的初步研究（论文提纲范文）
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 2.1 DNA基因组的提取 |
| 2.2 PCR扩增和测序 |
| 2.3 序列分析与系统树构建 |
| 3 结果 |
| 3.1 PCR扩增效率和测序成功率 |
| 3.2 基因长度及变异 |
| 3.3 石斛种间和种内的遗传距离 |
| 3.3 聚类分析 |
| 4 讨论 |
（2）柱花草花粉不育基因连锁的分子标记筛选及其SCAR标记的转化（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 柱花草概述 |
| 1.1.1 柱花草起源与分布 |
| 1.1.2 柱花草用途 |
| 1.1.3 柱花草育种研究进展 |
| 1.2 主要分子标记概述 |
| 1.2.1 RAPD标记 |
| 1.2.2 AFLP标记 |
| 1.2.3 ISSR标记 |
| 1.2.4 SRAP标记 |
| 1.2.5 SCAR标记 |
| 1.3 分子标记在牧草育种研究中的应用 |
| 1.3.1 品种鉴定与分类 |
| 1.3.2 遗传连锁图谱的构建 |
| 1.3.3 基因定位(质量性状、数量性状) |
| 1.3.4 分子标记辅助育种 |
| 1.4 本研究的目的及意义 |
| 1.5 技术路线 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 试验主要仪器 |
| 2.1.3 试验主要试剂 |
| 2.1.4 溶液的配制 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 基因组DNA提取 |
| 2.2.2 基因组DNA质量的检测 |
| 2.2.3 杂种真实性的鉴定 |
| 2.2.4 基因池的构建 |
| 2.2.5 ISSR标记分析 |
| 2.2.6 SRAP标记分析 |
| 2.2.7 数据收集处理 |
| 2.2.8 SCAR标记转化 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 基因组DNA提取 |
| 3.1.1 DNA琼脂糖凝胶电泳检测分析 |
| 3.1.2 基因组DNA浓度和纯度检测分析 |
| 3.2 杂种真实性鉴定 |
| 3.3 柱花草花粉不育基因连锁的ISSR标记筛选 |
| 3.3.1 ISSR反应体系优化 |
| 3.3.2 不育基因池特异ISSR引物筛选 |
| 3.3.3 ISSR标记引物退火温度筛选 |
| 3.3.4 ISSR特异引物在基因池各单株中的验证 |
| 3.3.5 ISSR特异引物在BC_1F_1代分离群体中的验证 |
| 3.4 柱花草花粉不育基因连锁的SRAP标记筛选 |
| 3.4.1 不育基因池特异SRAP引物筛选 |
| 3.4.2 SRAP特异引物在基因池各单株中的验证 |
| 3.4.3 SRAP特异引物在BC_1F_1代分离群体中的验证 |
| 3.5 不育基因连锁群构建 |
| 3.6 SCAR标记转化 |
| 3.6.1 ISSR特异片段的SCAR标记转化 |
| 3.6.2 SRAP特异片段的SCAR标记转化 |
| 4 讨论 |
| 4.1 柱花草基因组DNA提取 |
| 4.2 杂种真实性鉴定 |
| 4.3 ISSR标记反应体系优化 |
| 4.4 与不育基因连锁的分子标记 |
| 4.5 SCAR分子标记转化 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 缩略语表 |
| 附录 |
| 项目资助情况 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（3）分子标记在花生属区组间杂种鉴定和进化研究上的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 花生远缘杂交育种的研究进展 |
| 1.2 植物分子系统学的研究进展 |
| 第二章 原位胚拯救技术获得花生属区组间杂种的研究 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.4 讨论与小结 |
| 第三章 我国南方野外自然生长花生属植物的ITS序列和叶绿体DNA序列分析 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.4 讨论与小结 |
| 第四章 花生栽培种四大类型ITS和叶绿体DNA序列分析 |
| 4.1 试验材料 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.4 讨论与小结 |
| 第五章 四大类型栽培种花生和南方野外生长花生转座子标记分析 |
| 5.1 试验材料 |
| 5.2 试验方法 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.4 讨论与小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（4）中国红豆杉属分子谱系地理学与遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 前言 |
| 1.1.1 研究背景 |
| 1.1.2 研究进展 |
| 1.2 研究目的与主要研究内容 |
| 1.2.1 研究目的 |
| 1.2.2 主要研究内容 |
| 1.3 研究的技术路线 |
| 第二章 基于质体DNA序列的红豆杉属谱系地理研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.1.3 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 叶绿体DNA序列分析 |
| 2.2.2 线粒体DNA序列分析 |
| 2.2.3 种群的失配分析 |
| 2.2.4 分化时间估计 |
| 2.3 小结 |
| 2.4 结论与讨论 |
| 2.4.1 红豆杉属的遗传多样性及遗传分化 |
| 2.4.2 冰期避难所 |
| 2.4.3 种群历史的动态分析 |
| 第三章 谱系地理学分析—来自核基因ITS的证据 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 单倍型多样性及地理分布 |
| 3.2.2 nrDNA单倍型之间的亲缘关系 |
| 3.2.3 居群的遗传结构 |
| 3.2.4 ITS的中性检验和失配分析 |
| 3.3 小结 |
| 3.4 结论与讨论 |
| 3.4.1 居群的遗传多样性 |
| 3.4.2 居群的遗传结构 |
| 3.4.3 种群的地理谱系关系 |
| 3.4.4 种群历史的动态分析 |
| 第四章 须弥红豆杉（Taxus wallichiana）微卫星引物开发 |
| 4.1 试验材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.1.3 跨种扩增 |
| 4.1.4 数据分析 |
| 4.2 实验结果与分析 |
| 4.2.1 微卫星序列的获得 |
| 4.2.2 微卫星引物的获得 |
| 4.2.3 微卫星多态性的筛选及遗传多样性检验 |
| 4.2.4 微卫星引物的跨种扩增 |
| 4.3 小结 |
| 第五章 基于SSR标记的红豆杉属群体遗传多样性及遗传结构分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 总DNA提取 |
| 5.1.3 总DNA的质量检测 |
| 5.1.4 引物的确定 |
| 5.1.5 PCR扩增 |
| 5.1.6 数据分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 SSR位点的多态性分析 |
| 5.2.2 天然种群的遗传多样性分析 |
| 5.2.3 红豆杉属的种群遗传结构分析 |
| 5.3 小结 |
| 5.4 结论与讨论 |
| 5.4.1 红豆杉属的遗传多样性 |
| 5.4.2 红豆杉属种群遗传结构 |
| 5.4.3 遗传保护策略 |
| 第六章 结论与展望 |
| 6.1 主要结论 |
| 6.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在读期间的学术研究 |
| 致谢 |
（5）铁线莲属植物的核型分析及分子系统学研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 铁线莲属植物概况 |
| 1.1.1 铁线莲属植物的生物学特性及生态学习性 |
| 1.1.2 铁线莲属植物的地理分布 |
| 1.1.3 铁线莲属栽培简史 |
| 1.2 铁线莲属植物研究进展 |
| 1.2.1 铁线莲属种质资源研究 |
| 1.2.2 铁线莲属分类系统研究 |
| 1.2.3 铁线莲属植物的系统发育研究 |
| 1.2.4 铁线莲属植物的细胞学研究 |
| 1.2.5 铁线莲属植物的分子系统学研究 |
| 1.3 植物细胞学研究概况 |
| 1.3.1 染色体计数 |
| 1.3.2 核型分析 |
| 1.3.3 带型分析 |
| 1.4 植物分子系统学研究概况 |
| 1.4.1 植物分子系统学研究进展 |
| 1.4.2 植物分子系统学的研究方法及分子标记技术 |
| 1.4.3 植物分子系统学中常用的基因片段 |
| 1.4.4 分子系统学常用的分析方法 |
| 1.4.5 分子系统学常用的分析软件 |
| 1.5 本研究的内容、目的及研究思路 |
| 1.5.1 研究内容和研究思路 |
| 1.5.2 研究的目的及意义 |
| 第二章 铁线莲属植物的细胞学研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 药品配制 |
| 2.2 方法与步骤 |
| 2.2.1 材料的准备 |
| 2.2.2 染色体制片 |
| 2.2.3 数据统计及分析 |
| 2.2.4 核型分析各项参数的计算公式 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 核型分析结果 |
| 2.3.2 铁线莲属植物的核型比较 |
| 2.3.3 基于核型的铁线莲属植物亲缘关系及进化关系探讨 |
| 2.3.4 基于核型的铁线莲属植物聚类分析 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 DNA片段的选择与试验体系的建立 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 植物材料 |
| 3.1.2 菌种与质粒 |
| 3.1.3 试验试剂 |
| 3.1.4 主要仪器 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 DNA的提取 |
| 3.2.2 基因组DNA的检测 |
| 3.2.3 PCR反应体系的建立 |
| 3.2.4 PCR产物的电泳检测 |
| 3.2.5 直接测序 |
| 3.2.6 克隆测序 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 铁线莲属总DNA的提取 |
| 3.3.2 PCR产物的电泳检测 |
| 3.3.3 PCR产物的纯化的电泳检测 |
| 3.3.4 阳性克隆电泳检测 |
| 3.3.5 不同方法测序结果比较 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 系统树的选择与构建 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 植物材料 |
| 4.1.2 方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 铁线莲属植物ITS序列分析及其系统发育研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 植物材料 |
| 5.1.2 下载ITS序列 |
| 5.1.3 方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 18种铁线莲ITS序列分析 |
| 5.2.2 18种铁线莲ITS序列与下载序列的比较分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 铁线莲属植物ITS序列特点 |
| 5.3.2 ITS序列在铁线莲属植物鉴定中的价值 |
| 5.3.3 基于ITS序列探讨铁线莲属植物的系统关系 |
| 第六章 铁线莲属植物叶绿体DNA序列分析及其系统发育研究 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 植物材料 |
| 6.1.2 下载序列 |
| 6.1.3 方法 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 18种铁线莲matK,rpoB-trnC,psbA-trnQ序列分析 |
| 6.2.2 18种铁线莲cpDNA序列与下载序列的比较分析 |
| 6.3 讨论 |
| 6.3.1 铁线莲属植物cpDNA序列特点 |
| 6.3.2 matK、rpoB-trnC、psbA-trnQ序列在铁线莲属植物鉴定中的价值 |
| 6.3.3 基于matK、rpoB-trnC、psbA-trnQ序列探讨铁线莲属植物的系统关系 |
| 第七章 结论与展望 |
| 7.1 结论 |
| 7.2 展望 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 参考文献 |
（6）龙血树属DNA条形码鉴定研究与SRAP标记聚类分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1. 引言与文献综述 |
| 1.1 龙血树属分类简史 |
| 1.2 植物DNA条形码研究概述 |
| 1.2.1 植物DNA条形码的选择 |
| 1.2.2 影响植物条形码鉴定成功率的因素 |
| 1.2.3 植物DNA条形码的应用 |
| 1.2.4 植物DNA条形码的工作流程及分析方法 |
| 1.3 SRAP标记研究概述 |
| 1.4 研究目的与意义 |
| 1.5 技术路线 |
| 2. 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 供试材料 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 基因组总DNA提取 |
| 2.2.1.1 DNA提取方法 |
| 2.2.1.2 DNA提取质量检测 |
| 2.2.2 DNA条形码研究 |
| 2.2.2.1 PCR扩增 |
| 2.2.2.2 PCR产物的切胶纯化回收 |
| 2.2.2.3 纯化产物的连接与转化 |
| 2.2.2.4 测序 |
| 2.2.2.5 数据处理 |
| 2.2.2.5.1 遗传距离序列分析 |
| 2.2.2.5.2 DNA条形码研究 |
| 2.2.2.5.3 系统学发育树的构建 |
| 2.2.3 SRAP聚类分析 |
| 2.2.3.1 SRAP分析试验材料 |
| 2.2.3.2 SRAP引物筛选 |
| 2.2.3.3 SRAP聚类分析 |
| 2.2.3.4 数据分析 |
| 3. 结果与分析 |
| 3.1 DNA条形码研究 |
| 3.1.1 DNA提取 |
| 3.1.2 PCR扩增效率率与测序成功率 |
| 3.1.3 数据分析 |
| 3.1.3.1 序列校对及特征分析 |
| 3.1.3.2 不同DNA条形码候选序列种内种间差异分析 |
| 3.1.3.3 不同DNA条形码候选序列barcoding gap检验 |
| 3.1.3.4 DNA条形码候选序列鉴定效率评价 |
| 3.1.3.5 系统发育学分析 |
| 3.2 SRAP聚类分析 |
| 3.2.1 引物组合的扩增结果及多态性分析 |
| 3.2.2 聚类分析 |
| 4. 讨论 |
| 4.1 龙血树属理想DNA条形码的筛选 |
| 4.2 SRAP聚类分析 |
| 4.3 关于我国龙血树属的系统分类 |
| 5. 结论 |
| 参考文献 |
| 附图 |
| 致谢 |
（7）中国沿海三疣梭子蟹群体形态、生化与分子遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 三疣梭子蟹研究背景材料 |
| 1 生物学特性 |
| 2 中国沿海三疣梭子蟹群体遗传多样性研究进展 |
| 2.1 群体形态与体色多样性 |
| 2.2 群体生化遗传多样性 |
| 2.3 群体分子遗传多样性 |
| 3 三疣梭子蟹种质鉴定与遗传育种研究进展 |
| 4 小结 |
| 第二章 中国海五种群三疣梭子蟹的形态差异分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 测量方法 |
| 2.3 数据处理 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 聚类分析 |
| 3.2 主成分分析 |
| 3.3 判别分析 |
| 3.4 逐步判别分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 三疣梭子蟹不同种群的生长与生理差异 |
| 4.2 3种多元分析在三疣梭子蟹形态判别上的应用价值 |
| 4.3 5个地理种群三疣梭子蟹的形态差异 |
| 第三章 基于脂肪酸指纹标记的中国海三疣梭子蟹系统地理多元分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 样本采集 |
| 2.2 药品与仪器 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.4 数据处理 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 三疣梭子蟹的脂肪酸群体组成差异 |
| 3.2 基于 27 种脂肪酸的群体系统聚类分析 |
| 3.3 主成份分析 |
| 3.4 判别分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 不同群体三疣梭子蟹的脂肪酸的群体差异 |
| 4.2 几种脂肪酸共同作为群体脂肪酸指纹标记的可能性 |
| 第四章 基于背甲微量元素的中国海三疣梭子蟹系统地理学初步分析 |
| 1 引言 |
| 1.1 大连湾海域海水主要重金属含量研究 |
| 1.2 东海福建海域海水主要重金属含量研究 |
| 1.3 连云港附近海域海水中重金属的研究 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.3 数据处理 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 聚类分析 |
| 3.2 主成分分析 |
| 3.3 判别分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 三疣梭子蟹不同种群背甲内微量元素含量的差异 |
| 4.2 3 种多元分析在三疣梭子蟹微量元素含量的应用价值 |
| 第五章 中国四大海区三疣梭子蟹的 AFLP 分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 样本采集 |
| 2.2 试验方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 三疣梭子蟹 AFLP 遗传多样性 |
| 3.2 各种群分子方差分析与遗传分化 |
| 3.3 聚类分析 |
| 4 讨论 |
| 第六章 基于线粒体 D-loop 基因的中国海六种群三疣梭子蟹遗传多样性研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样本采集 |
| 1.2 DNA 抽提与 PCR 及测序 |
| 1.3 数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 三疣梭子蟹线粒体 DNA 序列特征及单倍型分布 |
| 2.2 群体遗传多样性及遗传分化 |
| 2.3 系统发育关系分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 三疣梭子蟹 D-loop 基因结构与遗传多样性分析 |
| 3.2 三疣梭子蟹群体遗传分化 |
| 3.3 三疣梭子蟹群体遗传距离及亲缘关系 |
| 第七章 基于 ITS-1 基因的中国海 6 种群三疣梭子蟹遗传多样性研究 |
| 1 引言 |
| 1.1 ITS 分子标记技术原理 |
| 1.2 ITS 分子标记技术应用 |
| 2 实验材料和方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验药品与仪器 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.4 数据处理分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 DNA 提取结果 |
| 3.2 PCR 扩增结果 |
| 3.3 胶回收结果 |
| 3.4 蓝白斑筛选结果 |
| 3.5 质粒提取结果 |
| 3.6 6种群三疣梭子蟹的碱基组成 |
| 3.7 ITS1 序列分析 |
| 3.8 各种群分子方差分析与遗传分化 |
| 3.9 各种群间的遗传距离 |
| 3.10 聚类分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 ITS1 序列特征 |
| 4.2 PCR 直接测序还是克隆测序 |
| 4.3 中国海 6 大海区三疣梭子蟹的分类关系 |
| 第八章 三疣梭子蟹 SSR 分子标记的开发研究 |
| 引言 |
| 第一节 三疣梭子蟹二碱基 GA 重复微卫星标记的开发 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果与分析 |
| 3 讨论 |
| 第二节 三疣梭子蟹二碱基 CA 重复微卫星标记的开发 |
| 1. 材料和方法 |
| 2 结果与分析 |
| 第九章 三疣梭子蟹养殖过程对野生资源的遗传渐渗—以海州湾为例 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 样本采集 |
| 2.2 DNA 抽提与 PCR 及扩增 |
| 2.3 PCR 扩增和产物鉴定 |
| 2.4 数据分析 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 海州湾三疣梭子蟹养殖群体与野生群体的遗传多样性 |
| 3.2 海州湾三疣梭子蟹养殖群体与野生群体的遗传渐渗状况 |
| 3.3 海州湾三疣梭子蟹养殖群体与野生群体的遗传系统关系 |
| 4 讨论 |
| 4.1 海州湾三疣梭子蟹的遗传多样性 |
| 4.2 规模化养殖对海州湾三疣梭子蟹的遗传渐渗 |
| 5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（8）赞皇大枣枣疯病植原体分子分类（论文提纲范文）
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 植物总DNA的提取 |
| 1.3 植原体保守序列的扩增、克隆和测序 |
| 1.4 序列分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 赞皇大枣感染枣疯病后的田间症状 |
| 2.2 赞皇大枣植原体16S rDNA序列扩增 |
| 2.3 赞皇大枣植原体16S rDNA序列同源性分析 |
| 2.4 赞皇大枣植原体16S rDNA同源进化树分析 |
| 2.5 赞皇大枣植原体虚拟RFLP分析 |
| 2.6 赞皇大枣植原体与二倍体枣品种植原体16SrDNA比较分析 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
（9）直接测序与克隆测序检测不育男性H19基因甲基化印记的比较（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 试剂和仪器 |
| 1.3 研究方法 |
| 1.3.1 研究对象 |
| 1.3.2 精液样本的处理 |
| 1.3.3 精子DNA的提取及亚硫酸氢盐修饰 |
| 1.3.4 精子DNA的PCR扩增 |
| 1.3.5 PCR产物直接测序 |
| 1.3.6 PCR产物克隆测序 |
| 1.3.7 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 半巢式PCR产物鉴定 |
| 2.2 阳性克隆鉴定结果 |
| 2.3 PCR产物直接测序结果 |
| 2.4 PCR产物克隆测序结果 |
| 2.5 H19基因克隆测序Cp G位点甲基化状态的分析 |
| 3 讨论 |
（10）黄杨属部分植物nrDNA ITS序列测定及亲缘关系分析（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 黄杨属及珍珠黄杨研究进展 |
| 1.1 黄杨科及黄杨属概况 |
| 1.2 珍珠黄杨的生物学特性及生态学研究 |
| 1.3 黄杨属及珍珠黄杨的研究概况 |
| 2 植物分子系统学研究 |
| 2.1 分子系统学定义及其发展 |
| 2.2 分子系统学的研究方法及分子标记技术 |
| 2.2.1 分子系统学的研究方法 |
| 2.2.2 分子标记技术 |
| 2.3 分子系统学研究中常用的基因片段 |
| 2.3.1 分子系统学研究中基因片段选择依据 |
| 2.3.2 用于分子系统学研究的主要基因种类 |
| 2.4 分子系统学研究中存在的问题 |
| 2.5 分子系统学数据分析以及系统进化树重建 |
| 2.5.1 分子进化的基本概念 |
| 2.5.1.1 同源性与同源性状 |
| 2.5.1.2 类群 |
| 2.5.2 原始数据处理 |
| 2.5.3 系统发育树重建 |
| 2.5.3.1 距离法 |
| 2.5.3.2 最大简约法 |
| 2.5.3.3 最大似然法 |
| 2.5.4 基因树精确性的统计检验 |
| 3 内转录间隔区（ITS）研究概况 |
| 3.1 ITS 区的结构特点 |
| 3.2 ITS 区的重要性 |
| 3.3 ITS 序列在科、亚科、族内系统进化研究中的应用 |
| 3.3.1 ITS 序列在属及属下系统学研究中的应用 |
| 3.3.2 ITS 序列在种及种内系统进化研究中的应用 |
| 3.3.3 ITS 序列在杂交和多倍化研究中的应用 |
| 4 研究目的及意义 |
| 第二章 珍珠黄杨基因组DNA 提取 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 供试材料与试剂、溶液及仪器 |
| 1.1.1 样品采集及处理 |
| 1.1.2 DNA 提取、纯化系列试剂及溶液 |
| 1.2 DNA 提取、纯化及检测 |
| 1.2.1 DNA 提取 |
| 1.2.2 DNA 纯化 |
| 1.2.3 基因组DNA 的检测 |
| 2 结果与分析 |
| 3 讨论 |
| 第三章 珍珠黄杨ITS-PCR 体系的建立与优化 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 供试材料与试剂、溶液及仪器 |
| 1.1.1 PCR 反应系列试剂 |
| 1.1.2 电泳系列试剂 |
| 1.2 ITS-PCR 引物 |
| 1.3 PCR 反应因素水平的确定与正交表的设计 |
| 1.4 琼脂糖凝胶电泳检测PCR 产物 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 电泳结果评分 |
| 2.2 因素内各水平对PCR 结果的影响 |
| 2.2.1 Mg~(2+)浓度对 PCR 结果的影响 |
| 2.2.2 引物浓度对PCR 结果的影响 |
| 2.2.3 dNTPs 浓度对PCR 结果的影响 |
| 2.2.4 模板DNA 浓度对PCR 结果的影响 |
| 2.3 PCR 退火温度选择 |
| 2.4 优化条件组合的的珍珠黄杨 ITS-PCR |
| 3 结论与讨论 |
| 3.1 结论 |
| 3.2 讨论 |
| 第四章 大花黄杨和珍珠黄杨ITS 序列PCR 产物直接测序与克隆测序比较分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 供试材料与克隆用系列试剂、溶液 |
| 1.1.1 样品采集及处理 |
| 1.1.2 克隆用系列试剂及溶液 |
| 1.1.3 感受态细胞的制备 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.2.1 目的片段的直接测序 |
| 1.2.2 目的片段的克隆、鉴定及测序 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 克隆及测序结果 |
| 2.1.1 大花黄杨ITS-PCR 扩增结果 |
| 2.1.2 大花黄杨ITS-PCR 产物纯化结果 |
| 2.1.3 大花黄杨ITS 片段克隆鉴定 |
| 2.1.4 大花黄杨测序结果 |
| 2.1.4.1 大花黄杨直接测序结果 |
| 2.1.4.2 大花黄杨克隆测序结果 |
| 2.2 直接测序与克隆测序结果分析比较 |
| 2.2.1 序列拼接 |
| 2.2.2 序列比对及分析 |
| 2.2.2.1 大花黄杨ITS 完整序列比对及分析 |
| 2.2.2.2 大花黄杨 ITS1 序列比对及分析 |
| 2.2.2.3 大花黄杨 ITS2 序列比对及分析 |
| 2.2.2.4 珍珠黄杨直接测序与克隆测序结果比对及分析 |
| 3 结论 |
| 4 讨论 |
| 第五章 用ITS 序列探讨黄杨属几种植物的系统发育关系 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 ITS-PCR 结果 |
| 2.2 ITS 序列分析结果 |
| 2.2.1 ITS 序列分析 |
| 2.2.2 ITS 序列的系统发育树的构建 |
| 3 结论 |
| 3.1 关于外类群的选择 |
| 3.2 ITS 序列的种内多态性 |
| 3.3 黄杨属几种植物亲缘关系的探讨 |
| 3.3.1 珍珠黄杨（Buxus sinica var. parvifolia）与瓜子黄杨（Buxus sinica）、锦熟黄杨（Buxus sempervirens）的关系 |
| 3.3.1.1 珍珠黄杨和瓜子黄杨、锦熟黄杨的ITS 序列长度信息 |
| 3.3.1.2 珍珠黄杨和瓜子黄杨、锦熟黄杨的序列变异信息 |
| 3.3.1.3 珍珠黄杨和瓜子黄杨的关系 |
| 3.3.2 日本黄杨（B. microphylla var. japonica）与 B. riparia |
| 3.3.3 雀舌黄杨（B. bodinieri）与西班牙黄杨（B. balearica） |
| 4 讨论 |
| 第六章 结论与展望 |
| 1 结论 |
| 2 展望 |
| 参考文献 |
| 详细摘要 |
四、PCR产物直接测序还是克隆测序?——密叶杉属rDNAITS序列的测定方法（论文参考文献）
- [1]基于DNA条形码分析的霍山石斛及其常见混伪品的初步研究[J]. 王晖,时玲玲,周珏,朱国萍. 中国中药杂志, 2018(20)
- [2]柱花草花粉不育基因连锁的分子标记筛选及其SCAR标记的转化[D]. 张子雄. 海南大学, 2018(08)
- [3]分子标记在花生属区组间杂种鉴定和进化研究上的应用[D]. 祁雪. 吉林农业大学, 2017(02)
- [4]中国红豆杉属分子谱系地理学与遗传多样性研究[D]. 程蓓蓓. 中国林业科学研究院, 2016(01)
- [5]铁线莲属植物的核型分析及分子系统学研究[D]. 盛璐. 南京林业大学, 2015(04)
- [6]龙血树属DNA条形码鉴定研究与SRAP标记聚类分析[D]. 李永杰. 海南大学, 2012(S2)
- [7]中国沿海三疣梭子蟹群体形态、生化与分子遗传多样性研究[D]. 董志国. 上海海洋大学, 2012(02)
- [8]赞皇大枣枣疯病植原体分子分类[J]. 杨海旭,王洋,赵彦檩,赵锦,刘孟军. 中国农业科学, 2011(21)
- [9]直接测序与克隆测序检测不育男性H19基因甲基化印记的比较[J]. 丁婷,岳磊,余波澜,周华,袁静茹,刘敏,孙筱放. 分子诊断与治疗杂志, 2011(04)
- [10]黄杨属部分植物nrDNA ITS序列测定及亲缘关系分析[D]. 刘娜娜. 南京林业大学, 2010(05)