一、水稻纹枯病抗性QTL分析（论文文献综述）
董俊杰[1]（2021）在《水稻纹枯病抗性的关联分析》文中研究说明水稻纹枯病是由立枯丝核菌（Rhizoctonia solani Kühn）引起的世界性水稻病害,其危害日趋严重,在世界范围内造成水稻产量的损失。鉴定水稻种质中的抗纹枯病基因并在育种中加以利用是解决这一问题的重点。水稻纹枯病是由微效多基因控制的数量性状,易受环境的影响。在已报道的纹枯病抗性基因鉴定中,所采用的方法大多是连锁分析。关联分析是以连锁不平衡为基础的研究水稻数量性状遗传的有效方法,其结果可以与连锁分析的结果相互验证与补充。本研究采用207个Indel标记和7个SSR标记对273份来源广泛的水稻材料进行基因组扫描,分析遗传多样性、群体结构以及连锁不平衡,构建关联定位的群体。选择其中具有代表性的158份水稻材料进行6年的纹枯病抗性的田间鉴定。采用关联分析中的MLM模型对标记和性状进行分析。主要研究结果如下:1.利用214个分子标记对273份水稻资源进行检测,共发现524个等位基因,每对引物检测到的等位基因平均数为2.45个,变异范围2-5个;平均多态性信息含量（PIC）为0.355,平均遗传多样性指数为0.44。2.采用3种统计方法,将273份水稻资源划分为的两个不同亚群以及一个混合群,包含品种数分别为72、181、20份。结合群体结构分析的结果对87份水稻地方品种籼粳型进行了划分,40份水稻地方品种籼粳型与之前判断一致,34份中间型水稻被区分为17份籼稻和17份粳稻,2份粳稻被划分为籼稻,2份粳稻被划分为中间型。3.分子方差分析表明该群体内具有丰富的遗传变异,种群间和种群内部都存在显着的遗传分化（Fst=0.657,P<0.01）。连锁不平衡分析显示整个群体平均r2为0.33,存在较高程度的连锁不平衡。4.对158份水稻材料在6年间的纹枯病抗性相关表型进行分析。病斑长与病级呈极显着的正相关,相关系数也很高,分别为0.78、0.9、0.94、0.87、0.91和0.82。同一年份中,群体内个体间病斑长和病级都存在明显的差异。不同年份比较来看,群体的病斑长和病级平均表现呈现出很大的差异。在所有年份中,群体的病斑长和病级均呈现连续分布,表现为典型的数量性状。5.基于MLM模型,在6个环境下,共检测到64个标记与纹枯病抗性显着关联,表型变异解释率2.55%-9.56%,分布于12条染色体上。其中,7个标记在3年以上被重复检测到,D101D、D230A、D304B、D309、RM6103位于前人报道的纹枯病抗性QTL区间内,D427A和D704是新的抗性位点。6.三年以上共重复检测到7个抗性等位变异。其中,D304B-180、D309-95和D427A-182三个等位基因在病级和病斑长度两个性状中都被检测到,D704-150等位基因仅在病级一个性状中检测到,D101D-145、D203A-237和RM6103-187三个等位基因仅在病斑长度这一性状中检测到。麻谷、GD66、扬稻4号、Silewah、IR8、紫红和地谷含有3个以上的抗性等位变异基因,可以作为水稻抗纹枯病育种的供体亲本加以利用。
刘浩[2]（2020）在《水稻纹枯病抗性相关基因OsSAM及其功能的初步鉴定》文中提出水稻纹枯病是一种由立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）侵染植株引起的水稻病害。水稻对纹枯病的抗性属于典型的数量性状,目前尚未发现免疫或高抗的主基因抗病水稻种质。本课题组前期应用基因芯片技术分析了易感病水稻品种TP309在纹枯病菌侵染12 h后的基因表达谱,筛选出一个抗病候选基因OsSAM,并通过CRISPR/Cas9敲除和基因过表达技术构建了两种突变体水稻,分别命名为CrSAM、OeSAM。本研究包括对获得的突变体材料进行连续三代的阳性筛选并进行相关纹枯病抗性研究,主要研究结果如下:（1）对T1、T2、T3代水稻材料进行阳性筛选。根据过表达突变体OeSAM的质粒序列设计特异性引物进行PCR扩增鉴定阳性;根据基因敲除突变体CrSAM的CRISPR靶点设计特异性引物进行PCR扩增并测序,检测目的片段的碱基变化鉴定阳性。在T3代获得7个OeSAM阳性株系,1个CrSAM阳性纯合株系。（2）在T3代水稻的分蘖末期采用牙签法进行纹枯病菌接种。于接种后7 d调查病斑面积,结果显示野生型病斑面积为0.74 cm2,CrSAM病斑面积为4.01 cm2,OeSAM病斑面积为0.52 cm2,结果呈极显着差异（P<0.01）。于水稻抽穗后30 d调查纹枯病病级,结果显示野生型病级为6.75,CrSAM病级为8.23,OeSAM病级为4.95,结果呈极显着差异。以上表明CrSAM更易感病,OeSAM更抗病,初步证明基因OsSAM与水稻纹枯病抗性呈正相关关系。（3）在T3代水稻成株期进行基本农艺性状调查,在成熟期进行产量测定。结果显示CrSAM的株高、叶绿素含量、剑叶高、剑叶长极显着低于野生型,分蘖数、分蘖夹角极显着高于野生型;OeSAM的株高、分蘖数极显着高于野生型,剑叶高显着高于野生型（P<0.05）。将水稻农艺性状与对应纹枯病病级作相关性分析,发现CrSAM病级与株高的相关系数r为-0.442,表明在CrSAM中株高与纹枯病病级呈负相关关系。测产结果得野生型产量最高,亩产量为523.23 kg,其次为OeSAM 498.65 kg,CrSAM 264.78 kg。CrSAM亩产量仅为野生型的0.51倍,表明CrSAM病害严重导致减产。（4）用RT-PCR和qPCR技术检测基因OsSAM在野生型、CrSAM与OeSAM的倒三叶叶鞘、倒二叶叶鞘、倒三叶、倒二叶四种水稻组织内的表达量。结果显示在CrSAM水稻组织内未检测到该基因表达;在OeSAM四个部位的该基因表达量均显着高于野生型;在水稻叶片内的表达量均显着高于叶鞘。另外在CrSAM、OeSAM和野生型接种纹枯病菌后的0 h、1 h、24 h、72 h分别取样接种分蘖的倒三叶叶鞘、倒三叶、倒二叶叶鞘、倒二叶进行qPCR检测水稻纹枯病病程相关基因OsPR1b、PDR、E2F的表达量变化。结果表明在水稻倒三叶叶鞘和倒二叶叶鞘中,CrSAM中病程基因表达量最高,其次为野生型、OeSAM,病程基因的表达量与水稻纹枯病病级呈正相关关系。
单文峰[3]（2020）在《水稻抗纹枯病QTL元分析及抗病品种YSBR1染色体片段导入系的构建与基因定位》文中研究说明水稻是世界上最重要的粮食作物之一。由立枯丝核菌引起的纹枯病是水稻三大病害之一,年均发病面积和造成的产量损失均位居水稻各病害之首。培育和推广抗病品种是控制病害发生最经济有效的措施,然而,由于水稻对纹枯病的抗性为典型数量性状且易受环境影响,使得通过传统育种手段难以选育抗病品种。通过分子标记辅助选择抗病QTL被认为是培育抗纹枯病品种的可行途径,但是目前已报道的抗纹枯病QTL间的重演性不高,因此,发掘重演性高的抗纹枯病QTL具有重要的理论价值和实际意义。本文收集了前人公开发表的水稻纹枯病抗性QTL以及容易影响纹枯病抗性的株高、抽穗期等性状QTL信息,进一步采用元分析方法挖掘重演性高且与农艺性状无关的抗纹枯病一致性QTL（MqSB）,在此基础上结合表达谱数据推测分析MqSB区间内的可能候选基因。同时,本研究以高抗纹枯病水稻品种YSBR1为供体,在江苏推广的超级稻品种泰粳394（T394）背景下构建了全基因组染色体片段导入系,并以此初步定位了纹枯病抗性及部分农艺性状基因/QTL。主要结果如下:1.收集了前人发表的有关水稻纹枯病抗性QTL的定位研究论文23篇,整理获得207个纹枯病抗性QTL、109个抽穗期QTL和62个株高QTL。通过元分析,分别获得49个MqSB、28个抽穗期一致性QTL（MqHD）和16个株高一致性QTL（MqPH）。位置比较显示,有37个MqSB区间内不存在MqHD或MqPH。结合6组水稻响应纹枯病菌侵染的转录组数据,发现MqSB区间内的差异表达基因更多与水稻防御物质积累信号及病原菌诱导的感病反应相关信号途径有关。进一步结合公开的基因组织特异性表达数据,对10个置信区间小于100kb的MqSB进行了候选基因分析,筛选出28个候选基因,为下一步候选基因的验证提供了信息基础。2.利用280对亲本间多态性分子标记,对224个高世代YSBR1/T394全基因组染色体片段导入系进行检测、筛选,获得123个导入不同染色体片段的株系,累计覆盖80.5%的YSBR1基因组。对YSBR1、T394及85个导入系进行重测序并与分子标记检测结果相比较,发现有17个株系重测序鉴定的导入片段数与分子标记鉴定的导入片段数一致;其余株系使用两种方法鉴定的导入片段数量差值在1-8个之间,重测序方法比分子标记方法平均多鉴定出1个片段。结合导入系群体的部分农艺性状、纹枯病抗性表型及基因型数据,进行QTL定位,分别检测到与株高、抽穗期、育性、光叶、穗型和纹枯病抗性相关的QTL有5、4、10、4、2和6个;在这其中,有5个QTL区间内存在已克隆的相应性状基因,有3个纹枯病抗性QTL（qSB2、qSB4和qSB11）分别与以上3个MqSB间存在明显区间重叠。3.课题组前期鉴定到两个来自YSBR1的主效抗纹枯病数量性状基因（qSB-2YSBR1和qSB-12YSBR1）,本研究进一步对导入片段与其区间相关的40个导入系（Lemont背景）进行田间与温室纹枯病抗性鉴定,将qSB2 YSBR1定位在第2染色体ZY31.2-RM166之间,物理间距3.2Mb;认为qSB12YSBR1区间内存在2个紧密连锁的抗性基因,分别位于标记ZY25.2-RM235和RM6217-ZY25.1区间内,物理间距分别为0.9Mb和2.5Mb。此外,利用实验前期构建的46个与抗纹枯病数量基因qSB-9TQ位置相关的片段导入系,对qSB-9TQ进行了重复定位,进一步证实qSB-9TQ位于Y84-Y86区间内,该区间完全包含MqSB-9-5和之前报道的qSB-9TQ的精细定位区间。以上结果为进一步克隆水稻纹枯病抗性及重要农艺性状基因/QTL创建了丰富的材料基础,具有重要的理论价值与实际意义。
王嘉楠[4]（2020）在《三个抗纹枯病数量基因和两个抗稻瘟病基因在粳稻中的育种应用研究》文中认为纹枯病（Sheath blight）和稻瘟病（Rice blast）是我国水稻生产上发生面积最大、造成损失最严重的两个真菌性病害。在抗病育种实践中,发掘抗病基因、培育抗病品种是最经济有效的策略。结合分子标记技术,对目标抗病基因进行直接选择,将抗病基因导入到优良品种中,可以大大提高选育效率。本课题组前期发现三个主效抗纹枯病数量基因,分别来自籼稻品种特青（TQ）第9染色体、华粳籼74（HJX）第11染色体和YSBR1第12染色体,依次命名为qSB-9TQ、qSB-11HJX和qSB-12YSBR1。Pi40和Pigm是已见报道的抗谱较宽的两个抗稻瘟病基因,但在改良江苏粳稻品种的抗性研究还少有报道。通过分子标记辅助选择,本研究将以上三个抗纹枯病数量基因和两个抗稻瘟病基因导入到不同粳稻品种中,研究其在粳稻纹枯病和稻瘟病抗性改良中的应用价值,为粳稻抗病分子育种提供理论依据和育种中间材料。主要结果如下:1、通过分子标记辅助选择,将qSB-9TQ、qSB-11HJX和qSB-12YSBR1分别导入连粳6号、南粳9108、南粳44、南粳5055、临稻10号、W030以及辽粳选系等7个粳稻品种中,对获得的回交高世代材料进行田间纹枯病抗性鉴定和农艺性状调查。结果显示,同一背景中,携带不同抗性数量基因的株系,其纹枯病病级均显着低于受体亲本,不同基因降低的病级间略有差异,总体以qSB-12YSBR1降低病级最大;各基因在不同粳稻背景中的表现趋势相同。对导入目标数量基因的株系进行农艺性状考察,发现导入目标数量基因对于改良粳稻品种的农艺性状基本没有不利影响。2、通过分子标记辅助选择,将qSB-9TQ和qSB-11HJX聚合到连粳6号和南粳9108两个粳稻背景,对聚合株系进行纹枯病抗性鉴定。结果显示:在连粳6号背景中,qSB-9TQ和qSB-11HJX单独存在时分别可减轻病级0.99和1.04级（0-9级病级评价指标）;而两个基因聚合时可减轻病级1.55级,互作效应为减轻病级0.48级,互作效应未达统计显着水平;两个基因在南粳9108背景中的聚合效果与连粳6号中的趋势相同。对聚合系进行农艺性状调查,发现qSB-9TQ和qSB-11HJX的聚合对农艺性状基本没有不利影响。综上所述,qSB-9To、qSB-11HJX和qSB-12YSBR1在粳稻中具有较大的育种应用价值,同时聚合两个基因有利于进一步提高纹枯病抗性。3、通过分子标记辅助选择,将稻瘟病抗性基因Pi40和Pigm分别导入至武运粳32、盐粳16、华粳8号、泗稻17以及淮粳1309等粳稻品种背景中,用江苏省农科院植保所提供的混合菌株接种。穗颈瘟抗性接种鉴定结果表明:携带Pigm的株系穗颈瘟病级在0-1级,而对应的不带有Pigm的株系（含受体亲本）穗颈瘟病级在7-9级;携带Pi40的株系穗颈瘟病级7-9级,与对应的受体亲本基本一致。在赣榆自然鉴定圃对携带Pigm或Pi40的株系进行自然鉴定,结果显示,携带Pigm株系稻瘟病病穗率显着低于相应的不带有Pigm的株系,携带Pi40的株系稻瘟病病穗率与相应的受体亲本间没有明显差异。将稻瘟病抗性基因Pi40和Pigm分别导入到华粳8号、武运粳32号和盐粳16中,得到HJ8Pg、WYJ32Pg、WYJ32Pi40和YJ16Pi40,利用109个稻瘟病菌株对携带Pigm和Pi40的株系及其受体亲本进行苗期抗谱鉴定,结果显示,携带Pigm的株系对测试菌株的抗谱明显宽于轮回亲本。上述结果表明,Pigm在江苏粳稻抗稻瘟病育种中具有较高的育种应用价值。
李明友,王嘉楠,王广达,冯志明,叶英豪,姜伟,左天,张亚芳,陈夕军,潘学彪,马玉银,陈宗祥,左示敏[5]（2019）在《抗纹枯病数量性状基因qSB-11HJX及qSB-9TQ改良粳稻品种的抗性研究》文中提出利用分子标记辅助选择,将华粳籼74中抗纹枯病数量性状基因qSB-11HJX回交导入不同来源的粳稻品种中,并在连粳6号和南粳9108背景下,将其与来自特青的抗纹枯病数量性状基因qSB-9TQ进行聚合。对BC1F2群体、BC1F3株系以及BC3F3以上世代株系进行人工接种鉴定。结果表明:同一背景不同世代材料中,携带qSB-11HJX株系的纹枯病病级均显着低于轮回亲本,表明这些粳稻品种在qSB-11HJX相应座位上均携带感病等位基因,qSB-11HJX可用于这些粳稻品种的纹枯病抗性改良; BC4F3鉴定结果表明,在0～9级病级评价标准下,qSB-11HJX平均可减轻病级0.78～1.22级。对2个背景中的qSB-11HJX和qSB-9TQ聚合株系进行接种鉴定,结果显示,在同一背景下携带qSB-11HJX或qSB-9TQ的单基因系,其病级均显着低于轮回亲本,但均显着高于双基因聚合系,表明qSB-11HJX和qSB-9TQ的聚合有利于进一步提高纹枯病抗性。
陈渊[6]（2019）在《水稻纹枯病抗性QTL定位》文中提出由立枯丝核菌（Rhizoctonia solani Kühn）引起的纹枯病是我国水稻（Oryza sativa L.）三大主要病害之一,同时也导致全世界许多水稻产区的产量损失。选育并推广纹枯病抗性品种是防治纹枯病最经济、环保且有效的途径之一,而纹枯病抗性基因的挖掘及应用是纹枯病抗性育种的基础。水稻纹枯病抗性属于典型的由多基因控制的数量性状,易受环境影响。本研究利用感病品种Lemont与抗性较好的籼稻品种扬稻4号杂交,构建了由219个株系组成的重组自交系（Recombinant inbred line,RIL）定位群体,利用该群体2013年至2018年在杭州的6个定位环境下检测稳定的纹枯病抗性QTL。主要研究结果如下:1、从1047对插入-缺失标记和548对SSR标记中筛选出在Lemont和扬稻4号间具有多态性的208对分子标记。利用这些分布于12条染色体上的多态性标记检测Lemont/扬稻4号RIL群体的219个株系,构建总长度为2228.0cM的分子标记遗传连锁图,相邻分子标记间平均距离为11.4cM。2、在6个定位环境下测定与纹枯病抗性相关的两个性状（病级和病斑长）,利用多区间作图（Multiple interval mapping,MIM）检测到55个与纹枯病抗性相关的QTL,单个QTL贡献率介于2.5%12.0%,其中与病级相关的QTL有29个,贡献率大于10%的有2个（qDR9.2和qDR11.2）;与病斑长相关的QTL有26个,贡献率大于10%的有qLL11.2。除第6和第10染色体外,其他染色体上都检测到纹枯病抗性QTL。3、分析不同定位环境下检测到的纹枯病抗性QTL,发现有41个抗性QTL聚集在11个特定染色体区域上,形成11个QTL簇（qSBR1.1、qSBR1.2、qSBR2.1、qSBR3.1、qSBR5.1、qSBR7.1、qSBR9.1、qSBR11.1、qSBR11.2、qSBR12.1和qSBR12.2）,其中4个簇（qSBR1.2、qSBR3.1、qSBR5.1和qSBR12.1）聚集的抗性QTL仅在单一环境中检测到,另外7个簇聚集的抗性QTL来自多个环境。qSBR9.1聚集的抗性QTL来自所有6个环境,其次qSBR2.1、qSBR7.1、qSBR11.1和qSBR11.2这4个簇聚集的抗性QTL来自3个环境,qSBR1.1和qSBR12.2聚集的抗性QTL来自2个环境。4、为检验上述11个QTL簇上的纹枯病抗性QTL在不同环境下是否稳定,利用双向方差分析检测这11个位点上抗性QTL与环境互作效应,其中2个位点（qSBR11.1和qSBR11.2）检测到显着的QTL与环境互作效应（P<0.05）,表明这2个位点上QTL是不稳定的抗性QTL,另外9个位点未检测出显着的QTL与环境互作效应,表明这9个位点上QTL是稳定的抗性QTL。5、为解析株型相关性状与纹枯病抗性间的关系,本研究还在3个环境下分析了株高和分蘖角度等性状与纹枯病抗性的相关性并进行QTL定位。发现只有病级与株高在3个环境下均显着负相关。在3个环境下共检测到能在不同环境间重复的株高QTL有3个,分蘖角度QTL有4个,其中1个分蘖角度QTL qTA9.1与稳定的纹枯病抗性QTL qSBR9.1位置重叠。
张津乔[7]（2019）在《水稻纹枯病抗性及耐盐性的鉴定与全基因组关联分析》文中研究说明水稻是我国最重要的粮食作物,随着人口数量的不断增加,我国对稻米的需求量持续上升。由立枯丝核菌（Rhizoctonia solani Kuhn）引起的纹枯病是影响水稻高产、稳产的最重要病害之一,培育抗纹枯病水稻新品种是减轻产量损失最经济有效的方法。另外,针对我国大面积的沿海滩涂资源,培育和推广耐盐性水稻品种将是增加我国水稻产量的一个重要途径。水稻的纹枯病抗性和耐盐性均是受多基因控制的数量性状,筛选和鉴定抗纹枯病和耐盐性新品种和新基因,具有十分重要的意义。本研究以国内外引进的两个自然品种群体（国内水稻品种为主的群体I和不同国家水稻品种组成的群体II）为材料,分别筛选抗纹枯病和耐盐水稻新种质;同时,结合各品种的高密度SNP基因型信息,开展抗纹枯病、部分农艺性状及耐盐性全基因组关联分析（Genome-wide association study,GWAS）,发掘新的基因/QTL,服务于分子育种实践。主要结果如下:1.测量了群体I中175个品种的各农艺性状,分析认为此品种群体具有一定的遗传多样性;进一步通过重测序,筛选获得约20万个有效的SNP标记,在基因组中的平均间距为1.85Kb。通过全基因组关联分析,在群体I中分别检测到131个与穗长、131个与粒长、5个与粒宽、170个与籽粒长宽比、73个与株高及257个与抽穗期显着关联的SNP标记;结合各标记的分布区域,认为分别存在12、5、1、11、8和11个与各性状相关的QTL,其中不少QTL区域或附近存在一些已克隆的相关性状的QTL或基因,也发现了一些新的控制相关农艺性状的QTL。2.利用田间接种和离体茎秆接种两种抗纹枯病鉴定方法,评价了群体I中175个品种及3个抗性水平已知的对照品种对纹枯病的抗病表型,两种方法均可有效的区分抗、感对照品种。在此基础上分别筛选到5个在田间鉴定中、8个在离体鉴定中纹枯病抗性较好的新种质,其中两种方法均筛选到的抗病种质为赣农3425和鄂晚5号。通过全基因组关联分析,检测到107个与田间病级、70个与病斑长度、54个与相对病斑长度显着关联的SNP标记;根据各标记的位置分布区域,认为分别存在11、6和11个与纹枯病抗性相关的QTL,其中22个QTL与已报道的抗纹枯病数量性状基因如qSB-11LE、qSB-2YSB、qSB-9TQ位于相同或相近区域,其余6个为新发现的抗纹枯病QTL。3.对群体II中的229个品种及5个对照品种分别于孕穗期进行盐处理。从中筛选到4份耐盐性较好的水稻新种质（BR24、Palmyra、Eh Ia Chiu和Taducan）,其在盐处理后的相对穗长和相对结实率均高于耐盐对照品种的相应数值,叶片Na+相对含量与三份耐盐对照基本一致。通过全基因组关联分析,分别检测到60个与Na+含量、123个与K+含量、15个与钠钾比显着关联的SNP标记;结合各标记分布的区域,认为分别存在15、20和3个耐盐相关QTL,其中6个与已报道的QTL或基因如OsFH1、WAK32、VDAC2等位于相同或相近区域,其余32个为新发现的耐盐性QTL。以上结果为进一步开展水稻抗纹枯病和耐盐性基因的挖掘和分子育种提供了新的遗传信息和种质资源,具有一定的理论价值和实际意义。
孙大飞[8]（2019）在《“Soru#1×Naxos”RIL群体抗小麦纹枯病QTL定位及簇毛麦抗纹枯病基因发掘》文中认为小麦（Trticum aestivum L.）在国家经济发展和粮食安全中具有重要的战略地位。随着小麦生产水平的不断提高、耕作制度的改变和全球气候的变暖,由禾谷丝核菌（Rhizoctonia cerealis）和立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）引起的小麦茎基部真菌病害已经成为影响我国小麦生产的主要病害之一,已被农业部全国农业技术推广服务中心列入“重大”病虫害名单。该病害主要在我国长江中下游以及黄淮麦区发生,轻者产量损失5%～10%,重者损失产量20-40%。目前小麦中没有发现对纹枯病免疫的品种,大面积种植的推广品种大部分易感纹枯病,发掘抗纹枯病基因十分必要。本研究通过单粒传法构建了 Soru#1×Naxos组合的124个F2:8代重组自交系（Recombinant inbred lines,RIL）群体,分别在2016-2019连续3年大田和大棚环境,选用强致病力菌株R0301,采用土壤接种法和牙签嵌入法两种方式诱导小麦纹枯病,鉴定统计RIL群体病情指数（Disease index,DI）。利用Illumina iSelect 90K芯片技术筛选RIL群体多态性SNP标记,构建了含有1,267个标记位点的21条染色体遗传连锁图,覆盖基因组全长2436.78cM,平均密度为1.92cM/Locus。基于病情指数（DI）和遗传连锁图,利用软件IciMapping 4.1的ICIM功能,结果发现了 2个纹枯病抗性QTL,分别位于 2B 和 5A 染色体,命名为Qsejaas-2B和Qsejaas-5A。Qsejaas-2B 以及Qsejaas-5A能在4个环境中检测到,可分别解释7.59-10.86%和10.90-20.53%表型变异。此外,将该RIL群体的株高、抽穗期和壁厚表型值及相关QTL与上述纹枯病抗性QTL进行相关性分析,结果发现,Qsejaas-2B与RIL抽穗期密切相关,并且定位到的抽穗期相关QTL（Qhd.jaas-2B）与Qsejaas-2B在染色体2B相互重叠。Qse.jaas-5A与主要农艺性状没有连锁关系,且检测稳定,两侧标记紧密连锁,可用于分子标记辅助选择育种。对12份小麦-簇毛麦整臂易位系进行纹枯病抗性鉴定,发现小麦-簇毛麦T2DS-2VL、T4DL·4VS和T5DL-5VS与背景亲本中国春相比病情指数显着降低。进一步对T2DS·2VL/矮抗58 BC1F2群体进行纹枯病接种鉴定,发现易位染色体的病情指数也显着低于无外源染色体单株,推测簇毛麦2VL上可能携带抗纹枯病基因,其抗性效应以及育种利用价值有待利用近等系进行深入分析。
申艳婷[9]（2019）在《水稻病原诱导元件AATCA及其互作转录因子的功能鉴定》文中进行了进一步梳理水稻是世界上重要的粮食作物。由立枯丝核菌（Rhizoctonia solani Kühn）引起的水稻纹枯病是极具破坏性的水稻病害之一。目前水稻病害研究大多集中在白叶枯病和稻瘟病上,很少有针对纹枯病的相关研究。而对水稻纹枯病的抗病机制与调控机理的研究更是少之又少。当前生产上主要是通过培育种植抗病品种来防治作物病害。但由于水稻对纹枯病的抗性是数量性状,所以很难通过常规育种手段来产生高抗纹枯病品种。纹枯病高抗材料的缺乏限制了其抗性育种。因此研究调控抗病相关基因表达的启动子及其互作转录因子进行抗病育种是防治水稻纹枯病的有效策略。前期实验室研究发现,水稻基因Os2H16能够被纹枯病菌所诱导,超量表达Os2H16增强了水稻对纹枯病菌的抗性,抑制表达Os2H16会使水稻对纹枯病菌更加敏感。Os2H16基因启动子是能够被纹枯病菌诱导的病原诱导表达型启动子,并且已经鉴定到了该启动子的主要响应区域为-513 bp至-411 bp以及-411 bp至-309 bp。前期通过烟草瞬时表达系统研究发现一个新的存在于-513 bp至-411 bp区域的能够独立响应纹枯病菌的顺式元件AATCA。本研究通过将AATCA元件转入水稻中进行表达发现其可以响应纹枯病菌的诱导,验证了前期实验室在烟草瞬时表达中的结果。我们通过DNA pull-down技术筛选得到与AATCA元件互作的蛋白。随后运用酵母单杂交技术验证了AATCA元件与OsbHLH057蛋白的互作。通过对OsbHLH057基因进行分析发现其编码一个功能未知的蛋白,具有HLH保守结构域,且定位于细胞核。对OsbHLH057基因的病原诱导表达模式进行分析,发现其可以受纹枯病菌诱导表达,暗示它可能参与水稻对纹枯病菌的响应。然后我们还构建了OsbHLH057基因超量与基因编辑表达载体,获得了水稻超量植株和敲除突变体植株,并且检测了其下游抗病相关基因Os2H16的表达,发现在敲除突变体中该基因表达均有一定程度的下调,表明OsbHLH057基因可能通过影响Os2H16的表达来正调控水稻对纹枯病的抗性。终上所述,本研究对顺式作用元件AATCA及其互作转录因子OsbHLH057进行研究,为利用调控抗病基因的表达,来提高水稻纹枯病抗性的研究提供了新的理论基础,对进一步研究水稻对纹枯病的抗性机制以及培育抗性水稻品种具有重要的意义。
叶英豪[10]（2018）在《粳稻抗纹枯病和稻瘟病分子标记辅助育种研究》文中指出纹枯病（Sheathblight）和稻瘟病（Riceblast）是我国水稻生产上发生面积最大、造成损失最严重的两个真菌病害。抗病育种实践表明,利用抗病基因培育抗病品种是控制病害流行、减轻损失的最经济有效策略,通过分子标记可以对抗病基因进行直接选择,大大提高抗病品种的选育效率。本研究组前期在华粳籼74（HJX74）和YSBR1中分别发现一个效应较大的抗纹枯病QTL qSB-11HHX74 和q,SB-12YSBR1,但其能否用于多数粳稻的纹枯病抗性改良还不得而知。在抗稻瘟病育种中,目前已报道的具有较宽抗谱的抗病基因Pi40和Pigm还未见在粳稻尤其是江苏粳稻中的广泛应用。本研究通过分子标记辅助选择,将以上两个抗纹枯病QTL和抗稻瘟病基因分别导入不同的粳稻品种中,评价其在粳稻品种中的抗性效应,为进一步开展粳稻抗纹枯病和抗稻瘟病育种提供理论依据和育种中间材料,具有重要的理论和实际意义。获得的主要结论如下:1、通过标记辅助选择将qSB-11HJX74导入不同粳稻品种中,对低世代回交材料进行了苗期纹枯病菌接种鉴定。结果显示:在连粳6号、盐丰47、吉粳88、辽粳这4个回交组合的BC1F2群体中,携带qSB-11HJX74纯合基因型植株的平均病级均显着低于该位点为杂合型和轮回亲本型个体的平均病级,且后两类植株群体间的病级差异不显着,说明q,SB-11HJX74为隐性抗病基因;在南粳44、连粳6号和辽粳三个回交组合中,携带纯合基因型qSB-11HJJX74的BC1F3株系的纹枯病病级总体较对照亲本降低1.0级左右（0-9级评级系统）;结果表明qSB-11HJX74可用于这几个粳稻的纹枯病抗性改良。进一步对南粳5055和南粳9108两个回交组合的高世代株系进行农艺性状考察,发现导入qSB-11HJX74对所调查的主要农艺性状基本没有不利影响。2、通过标记辅助选择将qSB-12YSBR1导入不同粳稻品种中,对低世代回交材料进行了苗期纹枯病菌接种鉴定。结果显示:在南粳5055、南粳9108、连粳6号、南粳44和W030这五个回交组合的BC1F2群体中,携带qSB-12YSBR1纯合基因型植株与杂合基因型植株间的平均病级没有显着差异,但均显着的低于轮回亲本基因型纯合个体的平均病级,说明qSB-12YSBR1为显性抗性基因;在南粳9108、南粳44和W030这三个回交组合中,携带纯合基因型qSB-12YSBR1的BC1F3株系纹枯病平均病级总体较对照亲本低1.1级。结果表明qSB-12YSB1可用于这几个粳稻品种的纹枯病抗性改良。3、通过标记辅助选择,将抗性基因Pi40和Pigm分别导入粳稻品种泰粳1152和扬育粳116中,获得泰粳-Pi40、泰粳-Pigm、扬育粳-Pi40、扬育粳-Pigm四种带有纯合抗病基因型的BC2F3株系。利用28个来源于江苏不同区域的稻瘟菌株对回交株系的混系材料进行苗期人工接种,结果显示,无论携带Pigm还是Pi40的混系,对测试的28个菌株的抗谱均明显高于各自轮回亲本。在湖南大围山稻瘟病自然鉴定圃中,发现不同背景中携带Pigm基因的混系苗期抗性水平总体高于携带Pi40的混系,但是在穗颈瘟抗性上,携带Pi40和Pigm的混系均表现抗穗颈瘟。进一步采用2017年江苏水稻新品种审定试验中的稻瘟菌混合菌液对各材料进行穗颈瘟接种,结果显示,携带Pigm的混系穗颈瘟抗性水平总体高于携带Pi40的混系。结果表明,在江苏粳稻抗稻瘟病育种中,两个抗稻瘟病基因具有较好的应用价值,Pigm的抗性效果可能总体优于Pi40。
二、水稻纹枯病抗性QTL分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、水稻纹枯病抗性QTL分析（论文提纲范文）
（1）水稻纹枯病抗性的关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 水稻纹枯病的研究进展 |
| 1.1.1 水稻纹枯病抗性的表型鉴定方法 |
| 1.1.2 水稻纹枯病抗性种质资源的鉴定 |
| 1.1.3 水稻纹枯病抗性QTL定位 |
| 1.1.4 水稻纹枯病抗性相关基因 |
| 1.2 关联分析的研究进展 |
| 1.2.1 关联分析与连锁不平衡 |
| 1.2.2 关联分析的基本方法 |
| 1.2.3 关联分析在水稻中的应用 |
| 1.3 本研究的目的与意义 |
| 第二章 水稻关联定位群体的构建 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 水稻叶片DNA的提取 |
| 2.2.2 标记分型 |
| 2.2.3 遗传多样分析 |
| 2.2.4 群体结构分析 |
| 2.2.5 连锁不平衡分析 |
| 2.3 结果分析 |
| 2.3.1 273 份水稻材料的分子标记分析 |
| 2.3.2 群体结构分析 |
| 2.3.3 结构分组遗传多样性分析 |
| 2.3.4 群体间的遗传分化 |
| 2.3.5 连锁不平衡分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 群体结构及遗传多样性 |
| 2.4.2 群体结构对LD的影响 |
| 第三章 水稻纹枯病抗性的关联分析 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 纹枯病菌的培养 |
| 3.2.2 纹枯病田间接种与病情调查 |
| 3.2.3 群体结构分析 |
| 3.2.4 连锁不平衡分析 |
| 3.2.5 关联分析 |
| 3.2.6 数据统计分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 水稻纹枯病抗性相关性状的表型分析 |
| 3.3.2 群体结构分析与连锁不平衡LD |
| 3.3.3 关联分析 |
| 3.3.4 与纹枯病抗性关联的标记位点优异等位变异 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 环境因素对纹枯病抗性的影响 |
| 3.4.2 本研究检测到的标记位点与前人报道结果的比较 |
| 3.4.3 优异抗性等位变异的应用 |
| 第四章 全文结论 |
| 4.1 水稻关联定位群体的构建 |
| 4.2 水稻纹枯病抗性关联分析 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 附录 B |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（2）水稻纹枯病抗性相关基因OsSAM及其功能的初步鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 综述 |
| 1.1 水稻纹枯病的产生和危害 |
| 1.2 立枯丝核菌致病机理的研究进展 |
| 1.3 水稻纹枯病的防治措施 |
| 1.3.1 药剂防治 |
| 1.3.2 生物防治 |
| 1.4 水稻纹枯病抗性遗传育种研究进展 |
| 1.5 转基因育种技术 |
| 1.5.1 基因过表达技术 |
| 1.5.2 基因编辑技术 |
| 1.6 研究背景和意义 |
| 1.7 研究路线 |
| 2 水稻OsSAM基因突变体的构建和鉴定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 水稻材料 |
| 2.1.2 质粒及菌株 |
| 2.1.3 主要试剂 |
| 2.1.4 主要仪器 |
| 2.1.5 载体构建与农杆菌转化 |
| 2.1.6 水稻叶片DNA提取 |
| 2.1.7 引物设计 |
| 2.1.8 PCR反应 |
| 2.1.9 基因测序 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 过表达阳性株系的鉴定 |
| 2.2.2 基因敲除阳性株系的鉴定 |
| 2.3 小结与讨论 |
| 3 水稻纹枯病接种与鉴定 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 水稻材料 |
| 3.1.2 纹枯病菌 |
| 3.1.3 培养基 |
| 3.1.4 水稻育苗与大田种植 |
| 3.1.5 纹枯病菌培养 |
| 3.1.6 纹枯病菌接种 |
| 3.1.7 纹枯病病级评定 |
| 3.1.8 其他农艺性状调查 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 水稻纹枯病病情分析 |
| 3.2.2 其他农艺性状分析 |
| 3.2.3 产量分析 |
| 3.3 小结与讨论 |
| 4 水稻纹枯病抗性相关基因的检测 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 主要试剂 |
| 4.1.2 主要仪器 |
| 4.1.3 纹枯病接种和取样 |
| 4.1.4 水稻组织RNA提取 |
| 4.1.5 cDNA合成 |
| 4.1.6 引物设计 |
| 4.1.7 qPCR检测 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 RNA质量检测 |
| 4.2.2 OsSAM基因表达量分析 |
| 4.2.3 病程相关基因表达量分析 |
| 4.3 小结与讨论 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士期间的成果 |
| 致谢 |
（3）水稻抗纹枯病QTL元分析及抗病品种YSBR1染色体片段导入系的构建与基因定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 水稻纹枯病 |
| 1.1.1 水稻纹枯病的发生与危害 |
| 1.1.2 水稻纹枯病抗性鉴定方法与评价体系 |
| 1.1.3 水稻抗纹枯病种质资源挖掘 |
| 1.2 水稻数量性状基因(QTL)定位概述 |
| 1.2.1 水稻QTL定位原理和方法 |
| 1.2.2 QTL的精细定位与克隆 |
| 1.3 水稻纹枯病抗性研究进展 |
| 1.3.1 水稻纹枯病抗性QTL定位 |
| 1.3.2 关联分析挖掘纹枯病抗性位点 |
| 1.3.3 水稻响应纹枯病菌的转录组分析 |
| 1.4 元分析原理及应用 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 2. 材料与方法 |
| 2.1 QTL元分析材料与方法 |
| 2.1.1 水稻纹枯病抗性QTL定位文献及QTL相关信息整理 |
| 2.1.2 元分析流程 |
| 2.1.3 一致性QTL区间内候选基因分析方法 |
| 2.2 染色体片段导入系构建材料与流程 |
| 2.3 染色体导入片段的鉴定与长度估算 |
| 2.3.1 DNA的提取 |
| 2.3.2 多态性分子标记的筛选、开发与检测 |
| 2.3.3 全基因组测序鉴定导入片段 |
| 2.4 田间农艺性状调查及抗性鉴定方法 |
| 2.5 QTL定位及分析方法 |
| 3. 结果与分析 |
| 3.1 水稻抗纹枯病抗性QTL元分析 |
| 3.1.1 水稻纹枯病抗性QTL的原始信息分析 |
| 3.1.2 一致性图谱构建 |
| 3.1.3 水稻纹枯病抗性及相关性状QTL元分析 |
| 3.1.4 MqSB区间内的纹枯病菌诱导差异表达基因分析 |
| 3.1.5 置信区间小于100kb的MqSB候选基因分析 |
| 3.2 YSBR1染色体片段导入系的构建及部分性状QTL定位 |
| 3.2.1 亲本间多态性分子标记开发 |
| 3.2.2 染色体片段导入系群体评价 |
| 3.2.3 全基因组测序鉴定导入片段 |
| 3.2.4 导入系群体农艺性状描述性统计与相关性分析 |
| 3.2.5 导入系群体中部分农艺性状QTL定位 |
| 3.2.6 导入系群体中纹枯病抗性QTL定位 |
| 3.3 主效抗纹枯病数量基因qSB-2~(YSBR1)和qSB-12~(YSBR1)定位 |
| 3.4 主效抗纹枯病数量基因qSB-9~(TQ)的重复定位 |
| 4. 讨论 |
| 4.1 水稻抗纹枯病QTL元分析的可行性与重要性 |
| 4.2 一致性抗纹枯病QTL (MqSB)的应用价值 |
| 4.3 染色体片段导入系亲本选择及优缺点 |
| 4.4 与前人定位的水稻抗纹枯病QTL比较 |
| 参考文献 |
| 附录1. 公开发表的水稻抗纹枯病QTL定位文献信息汇总 |
| 附录2. 抗纹枯病QTL以及株高、抽穗期QTL |
| 附录3. 一致性遗传图谱引物表 |
| 附录4. 原始QTL映射在参考物理图谱上 |
| 附录5. 抗纹枯病QTL热点区域信息汇总 |
| 附录6. 一致性株高和抽穗期QTL信息汇总 |
| 附录7. 10个MqSB区间内基因的组织特异性表达数据 |
| 附录8 表达谱实验信息汇总 |
| 附录9. 表达谱实验差异表达基因汇总(电子文档) |
| 附录10. 11对多态性Indel标记信息 |
| 附录11. YSBR1/T394全基因组染色体片段导入系多态性引物表 |
| 附录12-1. 田间抗性鉴定多重比较 |
| 附录12-2. 温室抗性鉴定多重比较 |
| 附录13. MQSB区间内的病程相关基因 |
| 攻读硕士学位期间科研成果 |
| 致谢 |
（4）三个抗纹枯病数量基因和两个抗稻瘟病基因在粳稻中的育种应用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 第1章 前言 |
| 1.1 水稻纹枯病发生危害 |
| 1.1.1 水稻纹枯病的发生及分布 |
| 1.1.2 水稻纹枯病的症状及危害 |
| 1.1.3 水稻纹枯病的防治方法 |
| 1.2 水稻纹枯病抗性遗传育种研究进展 |
| 1.2.1 水稻纹枯病抗性鉴定体系 |
| 1.2.2 抗病资源发掘与利用 |
| 1.2.3 水稻抗纹枯病QTL定位研究 |
| 1.2.4 水稻抗纹枯病QTL的育种利用 |
| 1.3 水稻稻瘟病发生危害 |
| 1.3.1 稻瘟病的发生及危害概况 |
| 1.3.2 稻瘟病菌致病机理 |
| 1.4 稻瘟病抗性遗传育种研究进展 |
| 1.4.1 稻瘟病抗性鉴定技术 |
| 1.4.2 抗性基因定位及克隆研究 |
| 1.4.3 水稻抗稻瘟病育种 |
| 1.4.3.1 常规育种 |
| 1.4.3.2 分子标记辅助选择育种 |
| 1.5 本研究目的与意义 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 纹枯病相关试验材料 |
| 2.1.2 稻瘟病相关试验材料 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 总体研究思路 |
| 2.2.2 DNA提取 |
| 2.2.3 分子标记检测 |
| 2.2.4 纹枯病抗性鉴定 |
| 2.2.5 穗颈瘟抗性鉴定 |
| 2.2.6 稻瘟病大田自然鉴定 |
| 2.2.7 苗瘟抗性鉴定 |
| 2.2.8 农艺性状考察 |
| 2.2.9 试验统计方法 |
| 第3章 结果分析 |
| 3.1 抗纹枯病数量基因在不同粳稻背景中的抗性效应 |
| 3.1.1 各基因双侧分子标记的选择效果分析 |
| 3.1.2 qSB-9~(TQ)在不同粳稻背景中的抗性效应 |
| 3.1.3 qSB-11~(HJX)在不同粳稻背景中的抗性效应 |
| 3.1.4 qSB-12~(YSB1)在不同粳稻背景中的抗性效应 |
| 3.2 携带不同抗纹枯病数量基因的回交株系农艺性状分析 |
| 3.3 qSB-9~(TQ)和qSB-11~(HJX)聚合分析 |
| 3.3.1 聚合系的纹枯病抗性分析 |
| 3.3.2 聚合系的农艺性状分析 |
| 3.4 抗稻瘟病基因Pi40初Pigm在粳稻中的应用研究 |
| 3.4.1 携带Pi40和Pigm的回交株系接种鉴定 |
| 3.4.2 携带Pi40或Pigm的回交株系的稻瘟病自然鉴定 |
| 3.4.3 携带Pi40或Pigm的株系苗期抗稻瘟病人工接种鉴定 |
| 第4章 小结与讨论 |
| 4.1 三个抗纹枯病数量基因在粳稻抗病性改良中的应用价值分析 |
| 4.2 聚合抗纹枯病数量基因进一步提高水稻纹枯病的抗性是可行的 |
| 4.3 Pi40和Pigm在改良粳稻稻瘟病抗性中的育种价值分析 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（5）抗纹枯病数量性状基因qSB-11HJX及qSB-9TQ改良粳稻品种的抗性研究（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1) 目标基因供体亲本: |
| 2) 目标基因受体亲本: |
| 1.2 试验方法 |
| 1.2.1 抗病品系构建过程 |
| 1.2.2 分子标记检测 |
| 1.2.3 纹枯病抗性接种鉴定 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 qSB-11HJX双侧多态性分子标记的筛选及标记辅助选择 |
| 2.2 qSB-11HJX的标记选择效率 |
| 2.3 qSB-11HJX在粳稻背景下的纹枯病抗性效应 |
| 2.3.1 qSB-11HJX在BC1世代抗性效应 |
| 2.3.2 qSB-11HJX在回交高世代株系中的抗性效应 |
| 2.4 qSB-11HJX和qSB-9TQ的聚合效应分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 纹枯病抗性接种鉴定方法及其应用 |
| 3.2 抗纹枯病QTL qSB-11HJX在粳稻抗纹枯病育种中的应用价值 |
（6）水稻纹枯病抗性QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 英文缩略表 |
| 第一章 引言 |
| 1.1 QTL定位原理和方法 |
| 1.2 水稻纹枯病研究进展 |
| 1.2.1 水稻纹枯病人工接种诱发方法与抗性鉴定标准 |
| 1.2.2 水稻纹枯病抗性QTL定位 |
| 1.2.3 关联分析发掘纹枯病抗性基因 |
| 1.2.4 转基因技术创新水稻纹枯病抗性种质资源 |
| 1.3 水稻株型相关性状与纹枯病抗性的关系 |
| 1.3.1 水稻株型相关性状研究进展 |
| 1.3.2 株型相关性状与纹枯病抗性的关系 |
| 1.4 本研究的目的与意义 |
| 第二章 水稻纹枯病抗性QTL定位 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 纹枯病菌培养方法 |
| 2.2.2 纹枯病田间接种与病情调查 |
| 2.2.3 水稻DNA的提取 |
| 2.2.4 分子标记检测 |
| 2.2.5 分子标记设计和遗传连锁图谱构建方法 |
| 2.2.6 QTL定位方法 |
| 2.2.7 数据分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 遗传连锁图谱构建 |
| 2.3.2 亲本及RIL群体纹枯病抗性表型分析 |
| 2.3.3 纹枯病抗性相关的病级与病斑长间的相关性 |
| 2.3.4 使用MIM进行纹枯病抗性QTL定位 |
| 2.3.5 纹枯病抗性QTL与环境互作效应分析 |
| 2.3.6 使用CIM进行纹枯病抗性QTL定位及与MIM结果的比较 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 不同作图方法对QTL定位结果的影响 |
| 2.4.2 环境因素对纹枯病抗性的影响 |
| 2.4.3 定位到的纹枯病抗性QTL与前人研究结果的比较 |
| 第三章 水稻株型相关性状与纹枯病抗性的关系 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 田间试验方案 |
| 3.2.2 株型相关性状调查 |
| 3.2.3 数据分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 亲本及重组自交系群体株型相关性状表型分析 |
| 3.3.2 株型相关性状QTL定位 |
| 3.3.3 株型相关性状与纹枯病抗性的相关性 |
| 3.3.4 株型相关性状QTL与纹枯病抗性QTL位置比较 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 定位到的主效分蘖角度QTL与前人研究结果的比较 |
| 3.4.2 株高对纹枯病抗性两种评价体系的影响 |
| 3.4.3 株型相关性状对纹枯病抗性的影响 |
| 第四章 全文结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（7）水稻纹枯病抗性及耐盐性的鉴定与全基因组关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 一、文献综述 |
| 1.1 水稻纹枯病 |
| 1.1.1 水稻纹枯病的危害 |
| 1.1.2 水稻纹枯病发病因素 |
| 1.1.3 水稻纹枯病的接种鉴定方法 |
| 1.1.4 水稻抗纹枯病种质资源筛选 |
| 1.1.5 水稻抗纹枯病QTL的研究 |
| 1.2 水稻耐盐性研究 |
| 1.2.1 盐害对水稻生长发育的影响 |
| 1.2.2 水稻耐盐性鉴定及育种 |
| 1.2.3 水稻耐盐QTL的研究 |
| 1.3 全基因组关联分析原理与应用 |
| 1.3.1 GWAS的原理 |
| 1.3.2 GWAS在水稻抗病耐盐研究中的应用 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 二、材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 纹枯病抗性研究材料 |
| 2.1.2 耐盐性研究材料 |
| 2.2 试验设计 |
| 2.2.1 水稻纹枯病抗性鉴定 |
| 2.2.2 水稻孕穗期耐盐性鉴定 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 水稻纹枯病菌培养与接种方法 |
| 2.3.2 纹枯病病级调查方法 |
| 2.3.3 离体茎秆纹枯病菌接种鉴定方法与评价标准 |
| 2.3.4 其他农艺性状调查 |
| 2.3.5 叶片钠、钾元素含量测定以及穗部性状调查 |
| 2.4 数据分析 |
| 三、结果分析 |
| 3.1 群体Ⅰ的主要农艺性状表型分析 |
| 3.2 群体Ⅰ的品种基因型及群体结构分析 |
| 3.3 群体Ⅰ中部分农艺性状的全基因组关联分析 |
| 3.4 群体Ⅰ纹枯病抗性鉴定与抗性种质筛选 |
| 3.4.1 水稻纹枯病田间抗性鉴定与抗性种质筛选 |
| 3.4.2 水稻纹枯病抗性温室离体茎秆鉴定与抗性种质筛选 |
| 3.4.3 株高、抽穗期期以及两种方法鉴定结果间的相关性分析 |
| 3.5 水稻纹枯病抗性全基因组关联分析 |
| 3.6 水稻耐盐种质鉴定及全基因组关联分析 |
| 3.6.1 孕穗期水稻耐盐性鉴定及耐盐新种质筛选 |
| 3.6.2 耐盐性全基因组关联分析 |
| 四、讨论 |
| 4.1 水稻抗纹枯病新种质的筛选 |
| 4.2 抗纹枯病QTL的全基因组关联分析 |
| 4.3 水稻部分农艺性状的全基因组关联分析 |
| 4.4 水稻耐盐新种质的筛选及耐盐性全基因组关联分析 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 在读期间申请的专利 |
（8）“Soru#1×Naxos”RIL群体抗小麦纹枯病QTL定位及簇毛麦抗纹枯病基因发掘（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1 小麦纹枯病研究进展 |
| 1.1 小麦纹枯病地理分布与危害 |
| 1.2 小麦纹枯病病原学 |
| 1.3 小麦纹枯病的发病规律与病症 |
| 1.4 小麦纹枯病的影响因素 |
| 1.5 小麦植株形态以及致病过程中的理化性质对纹枯病的影响 |
| 1.6 小麦纹枯病的防治措施 |
| 1.7 小麦纹枯病抗性研究 |
| 2 小麦近缘种抗纹枯病资源发掘 |
| 2.1 小麦的基因资源 |
| 2.2 小麦野生近缘物种中蕴含丰富的抗性基因,通过种质创新发掘抗小麦纹枯病基因是解决抗源缺乏的重要途径 |
| 2.3 簇毛麦优异基因发掘与利用进展 |
| 3 小麦纹枯病研究中的问题与展望 |
| 4 本研究的目的及意义 |
| 第二章 “Soru#1×Naxos”RIL群体抗小麦纹枯病QTL定位 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 供试材料 |
| 1.2 试验设计 |
| 1.3 菌种制备、接种以及病情统计 |
| 1.4 小麦抽穗期、株高以及茎秆壁厚的调查 |
| 1.5 SNP标记基因型分析 |
| 1.6 群体遗传图谱构建 |
| 1.7 QTL定位分析 |
| 1.8 数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 供试小麦纹枯病抗性表现 |
| 2.2 SNP标记基因分型与遗传图谱构建 |
| 2.3 抗纹枯病QTL定位 |
| 2.4 小麦纹枯病抗性与抽穗期、株高和壁厚的关系 |
| 3 讨论 |
| 3.1 环境因素以及鉴定方法对小麦纹枯病的影响 |
| 3.2 SNP标记构建RIL群体遗传图谱 |
| 3.3 小麦纹枯病抗性QTL |
| 3.4 小麦纹枯病抗性QTL与株高、抽穗期和壁厚的关系 |
| 第三章 小麦-簇毛麦易位系抗纹枯病基因鉴定 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 供试小麦材料 |
| 1.2 供试菌株、接种以及鉴定方法 |
| 1.3 供试小麦成株期抗性鉴定 |
| 1.4 数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 2013-2017年小麦生长季供试材料的纹枯病抗性鉴定与分析 |
| 2.2 2017-2019年小麦-簇毛麦易位系材料的纹枯病抗性鉴定与分析 |
| 2.3 2018-2019年簇毛麦近等基因系材料纹枯病鉴定与分析 |
| 3 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间论文发表情况 |
| 致谢 |
（9）水稻病原诱导元件AATCA及其互作转录因子的功能鉴定（论文提纲范文）
| 符号说明 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 水稻纹枯病 |
| 1.1.1 水稻纹枯病的发病症状 |
| 1.1.2 水稻纹枯病菌 |
| 1.1.3 水稻纹枯病的病害防治 |
| 1.1.4 水稻纹枯病的抗性研究 |
| 1.2 植物启动子 |
| 1.2.1 植物启动子的基本结构与特征 |
| 1.2.2 植物启动子的分类 |
| 1.2.3 植物启动子的研究方法 |
| 1.3 植物转录因子 |
| 1.3.1 bHLH转录因子的发现 |
| 1.3.2 bHLH转录因子的结构 |
| 1.3.3 bHLH转录因子的分类 |
| 1.3.4 bHLH转录因子的功能 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 2 实验材料与方法 |
| 2.1 植物材料 |
| 2.2 使用菌株及载体 |
| 2.3 核酸操作 |
| 2.3.1 PCR引物设计 |
| 2.3.2 植物DNA抽提 |
| 2.3.3 植物RNA抽提 |
| 2.3.4 目的片段的扩增 |
| 2.3.5 载体和目的片段的纯化和回收 |
| 2.3.6 载体和目的片段的酶切及连接 |
| 2.3.7 热激转化大肠杆菌DH5α菌株 |
| 2.3.8 质粒DNA的提取 |
| 2.3.9 电转化农杆菌感受态细胞 |
| 2.3.10 用PCR法对克隆载体以及转基因植株阳性鉴定 |
| 2.3.11 定量RT-PCR分析 |
| 2.4 农杆菌介导的烟草瞬时表达转化 |
| 2.4.1 农杆菌的培养以及转化烟草 |
| 2.4.2 纹枯病菌的培养及接种 |
| 2.4.3 GFP的定性和定量分析 |
| 2.5 基因超量和基因编辑表达载体的构建与水稻遗传转化 |
| 2.5.1 OsbHLH057 基因超量和基因编辑表达载体的构建 |
| 2.5.2 农杆菌介导的水稻遗传转化 |
| 2.6 DNA pull-down |
| 2.7 酵母单杂交及互作验证 |
| 2.8 亚细胞定位 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 AATCA元件病原诱导活性的功能验证 |
| 3.2 AATCA元件结合蛋白的筛选及验证 |
| 3.3 AATCA与 OsbHLH057 在本生烟中的共表达分析 |
| 3.4 OsbHLH057 的亚细胞定位 |
| 3.5 OsbHLH057 的病原诱导表达模式 |
| 3.6 OsbHLH057 超量与敲除转基因植株的获得 |
| 3.6.1 OsbHLH057 基因编辑表达载体的构建 |
| 3.6.2 OsbHLH057 转基因植株的阳性鉴定 |
| 3.6.3 OsbHLH057 基因敲除植株的靶点突变分析 |
| 3.7 OsbHLH057 转基因植株基因表达量分析 |
| 3.7.1 超量植株中OsbHLH057 表达量分析 |
| 3.7.2 敲除植株中Os2H16 表达量分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 顺式作用元件及其互作转录因子的研究 |
| 4.2 OsbHLH057 同源基因的相关研究 |
| 4.3 水稻纹枯病抗病机制的多样性 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
（10）粳稻抗纹枯病和稻瘟病分子标记辅助育种研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 水稻纹枯病的研究进展 |
| 1.1.1 水稻纹枯病的发生及分布 |
| 1.1.2 纹枯病病原菌的生物学特性 |
| 1.1.3 水稻纹枯病的危害及特点 |
| 1.1.4 水稻纹枯病鉴定体系 |
| 1.1.5 水稻纹枯病的抗性遗传研究进展 |
| 1.1.6 水稻抗纹枯病育种 |
| 1.2 水稻抗稻瘟病研究进展 |
| 1.2.1 水稻稻瘟病的危害 |
| 1.2.2 稻瘟病病原菌以及侵染机制 |
| 1.2.3 稻瘟病互作系统与抗性分子机制 |
| 1.2.4 稻瘟病抗性基因的定位与克隆 |
| 1.2.5 水稻抗稻瘟病育种 |
| 本研究提出的意义 |
| 2、材料方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 总体研究思路 |
| 2.2.2 分子标记检测 |
| 2.2.3 苗期纹枯病抗性接种鉴定 |
| 2.2.4 稻瘟病苗期抗性鉴定 |
| 2.2.5 稻瘟病苗期病圃鉴定 |
| 2.2.6 孕穗期接种鉴定 |
| 2.2.7 病圃穗瘟的调查 |
| 2.2.8 农艺性状考察 |
| 2.2.9 试验统计方法 |
| 2.2.10 标记的开发 |
| 3、结果与分析 |
| 3.1 qSB-11~(HJX74)向粳稻转移及抗性效应 |
| 3.1.1 qSB-11~(HJX74)双侧多态性分子标记的筛选 |
| 3.1.2 不同回交世代群体中qSB-11~(HJX74)的标记选择效率 |
| 3.1.3 qSB-11~(HJX74)在不同回交世代中的纹枯病抗性效应分析 |
| 3.1.4 带有qSB-11~(HJX74)高世代株系农艺性状表现 |
| 3.2 qSB-11~(YSBR1)向粳稻转移及抗性效应分析 |
| 3.2.1 qSB-11~(YSBR1)双侧多态性分子标记的筛选 |
| 3.2.2 不同回交世代群体中qSB-11~(YSBR1)标记选择效率 |
| 3.2.3 qSB-11~(YSBR1)在不同回交世代群体中的抗纹枯病效应分析 |
| 3.3 抗稻瘟病基因Pi40及Pigm向粳稻转移及抗性分析 |
| 3.3.1 分子标记多态性分析及Pigm分子标记的开发 |
| 3.3.2 携带Pi40和Pigm的回交株系的稻瘟病抗性分析 |
| 4、小结与讨论 |
| 4.1 粳稻抗纹枯病分子标记辅助选择及种质创制 |
| 4.2 粳稻抗稻瘟病分子育种改良及种质创制 |
| 4.3 粳稻多抗性聚合分子育种 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
四、水稻纹枯病抗性QTL分析（论文参考文献）
- [1]水稻纹枯病抗性的关联分析[D]. 董俊杰. 中国农业科学院, 2021
- [2]水稻纹枯病抗性相关基因OsSAM及其功能的初步鉴定[D]. 刘浩. 淮阴工学院, 2020(02)
- [3]水稻抗纹枯病QTL元分析及抗病品种YSBR1染色体片段导入系的构建与基因定位[D]. 单文峰. 扬州大学, 2020
- [4]三个抗纹枯病数量基因和两个抗稻瘟病基因在粳稻中的育种应用研究[D]. 王嘉楠. 扬州大学, 2020
- [5]抗纹枯病数量性状基因qSB-11HJX及qSB-9TQ改良粳稻品种的抗性研究[J]. 李明友,王嘉楠,王广达,冯志明,叶英豪,姜伟,左天,张亚芳,陈夕军,潘学彪,马玉银,陈宗祥,左示敏. 扬州大学学报(农业与生命科学版), 2019(06)
- [6]水稻纹枯病抗性QTL定位[D]. 陈渊. 中国农业科学院, 2019(08)
- [7]水稻纹枯病抗性及耐盐性的鉴定与全基因组关联分析[D]. 张津乔. 扬州大学, 2019(02)
- [8]“Soru#1×Naxos”RIL群体抗小麦纹枯病QTL定位及簇毛麦抗纹枯病基因发掘[D]. 孙大飞. 南京农业大学, 2019(08)
- [9]水稻病原诱导元件AATCA及其互作转录因子的功能鉴定[D]. 申艳婷. 山东农业大学, 2019(01)
- [10]粳稻抗纹枯病和稻瘟病分子标记辅助育种研究[D]. 叶英豪. 扬州大学, 2018(06)